Guerra de la Confederación
1. Combate naval de Casma
2. Combate naval de Islay
3 y 4. Batalla de Yungay y enfrentamiento en el Cerro Pan de Azúcar
5. Diego Portales ante los notables chilenos
6. Batalla de Portada de Guías
7. Captura de la goleta Peruviana
8. El Frente Argentino
9. El Combate del puente de Llaclla
Primera expedición restauradora
Expedición naval confederada a las costas chilenas
Incursión naval de Roberto Simpson
Segunda expedición restauradora
La Guerra contra la Confederación o Guerra de la Confederación fue una serie de enfrentamientos militares ocurridos en América del Sur entre los ejércitos de la Confederación Perú-Boliviana, liderada por su protector Andrés de Santa Cruz, por un lado; contra las fuerzas de la Coalición Restauradora, conformada por militares peruanos opuestos al proyecto de Santa Cruz con el apoyo de los ejércitos de la República de Chile y la Confederación Argentina. La guerra, que se libró principalmente en los territorios de los actuales Perú y Bolivia, supuso varios intentos de invadir y desintegrar la Confederación, que iniciaron en 1836 y duraron hasta 1839.
Antes de formarse la coalición restauradora, Felipe Santiago Salaverry tomó el poder en el Perú y, al mando de un ejército, se enfrentó a las fuerzas confederadas en la que se conoce como la Guerra entre Salaverry y Santa Cruz, la cual terminó con la derrota y fusilamiento de Salaverry, y la formación de la Confederación.
Los peruanos contrarios a la Confederación, que habían sido desterrados a Chile, deseaban la reunificación del Perú por lo que pidieron el apoyo de la República de Chile, quienes en una primera campaña liderada por el chileno Manuel Blanco Encalada, desembarcan en Arequipa pero, ante la superioridad militar del ejército confederado, se rinden a estos y firman un acuerdo de paz en Paucarpata con Santa Cruz.
Simultáneamente, la Confederación Perú-Boliviana se enfrentaría a la Confederación Argentina, dirigida por Juan Manuel de Rosas, por disputas de territoriales, en la cual el Ejército Unido Confederado de Andrés de Santa Cruz, al mando de Otto Philipp Braun como Comandante del Frente Sur, logró prevalecer y, entre mayo y junio de 1838, el ejército confederado derrotó a las tropas de Rosas en una serie de encuentros menores siendo el más importante el Combate de Montenegro, que provocó la práctica retirada argentina de la contienda que a partir de entonces mantuvo una postura defensiva.
No obstante, el gobierno chileno desconoce el tratado firmado entre Blanco Encalada y Santa Cruz y manda una segunda expedición, más numerosa, que desembarca en Ancón, y cuya llegada coincide con la secesión del Estado Nor-peruano de la Confederación. Ante el arribo de las fuerzas de Santa Cruz a Lima, los restauradores se retiran al departamento de Huaylas y esta campaña finalmente culmina con la victoria de las tropas del Ejército Unido Restaurador, conformado por chilenos y peruanos restauradores, en la decisiva batalla de Yungay, determinando la disolución de la Confederación Perú-Boliviana y la expulsión de Santa Cruz del poder. La Confederación Argentina quedaba también victoriosa de forma indirecta, pues Santa Cruz había sido derrocado del cargo de presidente de Bolivia, por el general boliviano José Miguel de Velasco, quien lo habría traicionado en plena batalla de Yungay.
Durante la época virreinal, el territorio que constituía la Real Audiencia de Charcas o el Alto Perú, dependiente en un primer momento del Virreinato del Perú, desde 1776 pasó a formar parte del Virreinato del Río de La Plata. Este territorio fue independizado en 1825, naciendo la República de Bolivia.
El proyecto de Federación o Confederación entre los antiguos Alto Perú y Bajo Perú se mantuvo latente durante los primeros años de vida independiente en cada república. De esta manera, líderes de la independencia como Andrés de Santa Cruz y Agustín Gamarra favorecían estas ideas, siendo la principal diferencia entre ambos, el control político de la unión. Santa Cruz proponía una Confederación Perú-Boliviana de tres estados y Gamarra la creación de un solo estado, integrando Bolivia al Perú.
Las ideas de unión tenían un amplio respaldo en el sur del Perú, dados los importantes lazos económicos y políticos que unían a esta región del Perú con Bolivia. Arequipa y Cuzco, interesadas en romper el liderazgo político de Lima en los primeros años de la república, eran las ciudades que se mostraban más inclinadas hacia el proyecto de una Confederación.
En Bolivia había ascendido al gobierno Andrés de Santa Cruz quien impulsó una serie de medidas reformistas, logrando el progreso de su país. Santa Cruz era el propulsor de una confederación con el Perú por lo cual obtuvo partidarios en el Perú, así como en el resto de América.
Tras la independencia, en Perú se vivía épocas de guerras internas entre diferentes caudillos que se peleaban por el poder.
En 1833 el general Luis José de Orbegoso era elegido presidente provisorio del Perú. En su gobierno, siguiendo con el problema interno que sufría el país tuvo que enfrentar a caudillos como Bermúdez y Gamarra en una guerra en 1834 que finalizó el 24 de abril de ese año con el Abrazo de Maquinhuayo en la que se reconocía la definitiva autoridad de Orbegoso.
En 1835 se ocasiona otro problema ya que alegando la acefalia en que había quedado el poder a causa del viaje del presidente provisional Luis de Orbegoso al sur, el general Felipe Santiago Salaverry se autoproclamó como Jefe Supremo de la República desconociendo a Orbegoso el 23 de febrero de 1835 y extendiendo paulatinamente su autoridad en el resto del país. Orbegoso se replegó hacia el sur e instaló su precario gobierno en Arequipa.
Por otra parte, entre el general Gamarra que se encontraba desterrado en Bolivia y el general Andrés de Santa Cruz planeaban ante la crisis en Perú una confederación entre ese país y Bolivia. Para esto, Gamarra se comprometió a ingresar al Perú por Puno y ocupar el Cuzco para comenzar el plan; por su parte Santa Cruz se comprometió a obtener el apoyo de Arequipa y la eliminación de Orbegoso.
Alarmado por la presencia de Gamarra en suelo peruano, Orbegoso solicitó el auxilio de Bolivia, haciendo uso de una autorización del congreso dada durante la guerra civil de 1834, que le permitía solicitar ayuda extranjera en caso de que la República atravesara serio peligro. Santa Cruz se mostró interesado en esta propuesta, que le pareció muy ventajosa, y decidió entonces dejar de lado sus tratativas con Gamarra. Hay que destacar que Orbegoso desconocía los acuerdos entre Santa Cruz y Gamarra.
La alianza entre Orbegoso y la Bolivia de Santa Cruz se firmó el 15 de junio de 1835, y por él se acordó que Santa Cruz pasaría al Perú con sus fuerzas, como acto preparatorio para el establecimiento de una Confederación entre Perú y Bolivia. Ese mismo día 5000 soldados bolivianos al mando del mismo Santa Cruz cruzaron la frontera peruano-boliviana para apoyar a Orbegoso.
Gamarra se enfureció con el giro tomado por Santa Cruz, hasta hacía poco su aliado, y por su parte se alió con Salaverry para hacer frente a la invasión boliviana, siendo el primero en salir en campaña. Pero Santa Cruz lo derrotó en la batalla de Yanacocha (13 de agosto de 1835). Gamarra fue tomado prisionero y deportado. Quedaron entonces frente a frente Santa Cruz y Salaverry.
Santa Cruz y Orbegoso se pusieron de acuerdo sobre la estrategia a seguir: el primero, al mando del ejército boliviano, iría contra Salaverry, quien avanzaba hacia Arequipa; y el segundo marcharía a Lima con las fuerzas peruanas, precedida por las avanzadas del ejército santacrucista.
En Lima, los bandoleros, aprovechando la situación, se dedicaban al saqueo y al asesinato; el general Francisco Vidal, al mando de la Guardia Nacional ocupó Lima y fusiló al bandolero León Escobar (30 de diciembre de 1835); luego devolvió el poder a Orbegoso, quien ingresó triunfalmente en Lima, por tercera vez y sin haber combatido (8 de enero de 1836).
A pesar de que el mandato de dos años que el Congreso le había conferido en 1833 ya había vencido, Orbegoso volvió a ejercer el poder por algún tiempo más. En ese lapso emprendió campañas de pacificación en el norte y centro del país, relativamente fáciles.
Mientras tanto, en el sur, Santa Cruz derrotaba a Salaverry en la sangrienta batalla de Socabaya (7 de febrero de 1836). Salaverry fue apresado y fusilado en Arequipa, y Santa Cruz con amplios poderes pudo al fin empezar a edificar la Confederación Perú-Boliviana.
El 9 de mayo de 1836 la Confederación fue oficialmente promulgada por los representantes de las tres regiones en el Congreso de Tacna, antecedida por las pertinentes decisiones de dividir el Perú en dos estados y aunársele la República de Bolivia. Ese mismo día, Santa Cruz tomó el poder como Supremo Protector de la Confederación Perú-Boliviana, quedando Orbegoso como presidente del Estado Nor-Peruano que se crearía. Santa Cruz estableció como sede de gobierno el Palacio de descanso del Virrey Pezuela, en Lima.
En Perú y Bolivia hubo un cierto descontento por las medidas administrativas de cómo se iba a conformar la Confederación demorándose la ratificación de acuerdos. En Bolivia un congreso rechazó sumarse a la Confederación y luego de varias reuniones esta se unió recién el 3 de mayo de 1838.
El establecimiento en Chile de la República Conservadora se caracterizó por la llegada de Diego Portales al gobierno, concentrando tanta autoridad en sus manos que en la práctica terminó opacando al entonces presidente José Joaquín Prieto. El Gobierno de Chile, bajo la dirección de Portales, procedió a crear y establecer una marina mercante y a convertir a Valparaíso en el puerto más importante del Pacífico en Sudamérica.
La idea o creación de una Confederación o Unión entre el Perú y Bolivia creó recelo en algunos sectores en Chile. El ministro Portales persuadió a Prieto para terminar con la influencia de la Confederación, indicando como razones la competencia comercial nacida tras la búsqueda de hegemonía de los puertos de ambas naciones y la influencia que pudiera ejercer la Confederación en sus territorios cercanos.
En la posterior circular de Declaración de Guerra del Estado de Chile a la Confederación Perú-Boliviana se expondrían los motivos de la participación de Chile contra la Confederación. Entre estos, destaca el crecimiento de la Confederación amenazaba la independencia de otras repúblicas americanas, la acusación contra Santa Cruz por la muerte de Diego Portales, y que el Perú bajo la influencia de Santa Cruz había motivado una guerra civil en Chile prestando naves peruanas para desestabilizar el gobierno de Chile. En los temas económicos de la intervención de Chile, se encontraba las exigencias por parte de Chile hacia el Perú del pago de la deuda de este último, contraída durante las luchas de independencia y la guerra de tarifas aduaneras entre los puertos chilenos y peruanos ya que el tratado de Amistad, Comercio y Navegación, firmado en enero de 1835 fue revocado el 14 de febrero de 1836, después que Felipe Santiago Salaverry es fusilado y Orbegoso asume el poder. Finalmente no estalló la guerra en esos momentos.
Uno de los exiliados en el Perú tras la victoria conservadora en Chile fue el ex director supremo, el capitán general Ramón Freire. En circunstancias extrañas para la época, Freire consiguió adquirir por intermedio de terceros el arriendo de dos buques de guerra confederados, al parecer contando al mismo tiempo con el apoyo tácito de Luis Orbegozo y Andrés de Santa Cruz. Si bien el único propósito que Freire tendría con esos buques era derrocar al gobierno dictatorial de Prieto; existen pruebas contradictorias acerca de la responsabilidad y conocimiento de Orbegozo y Santa Cruz. Mientras diversos historiadores argumentan que ambos desconocían de la situación, otros cuestionan esto, tomando como prueba de culpabilidad una de las muchas cartas que Orbegozo escribió a Santa Cruz:
Así, el Orgebozo y el Monteagudo partieron a Chile. La expedición de Freire consistía en llegar a la Isla Grande de Chiloé, establecer su autoridad en esa parte del país e invadir el territorio chileno continental. Si bien el Orbegozo cumplió su objetivo al capturar uno de los fuertes más importantes del archipiélago, el Monteagudo se sublevó y se entregó a manos gubernamentales. Freire, quien no sabía de estos acontecimientos, fue engañado por la tripulación rebelde del Monteagudo, tomado prisionero y exiliado a Australia por órdenes directas de Diego Portales.
Cualquiera sea el caso, el resultado y la culpabilidad de la Expedición de Freire sería una de las causas principales que provocarían el distanciamiento y posterior ruptura entre Luis Orbegozo y Andrés de Santa Cruz, con consecuencias fatales para la Confederación.
Del mismo modo que lo ocurrido entre la Confederación y Chile por Ramón Freire, la derrota de los unitarios en Argentina obliga a muchos de ellos a buscar refugio en Bolivia. Juan Manuel de Rosas, temiendo que su gobierno podría sufrir un ataque como el de Freire, optó por mantener una postura claramente hostil hacia Santa Cruz.
Estos hechos hicieron que Diego Portales considerara las acciones de Freire como un intento financiado por Andrés de Santa Cruz de alejarlo del poder. Decidido a que la única forma de evitar esto era manteniendo una política hostil y ofensiva hacia la Confederación, Portales confía al marino español Victorino Garrido la misión de asestar un golpe decisivo contra la escuadra confederada fondeada en el puerto de El Callao.
En la noche del 21 de agosto de 1836, sin previa declaración de guerra, marinos chilenos a bordo del bergantín Aquiles, comandados por el capitán de fragata Pedro Angulo Novoa, tomaron control de la barca Santa Cruz, el bergatín Arequipeño y la goleta Peruviana. La Captura de Buques de la Confederación (si bien poco armados y siendo el Santa Cruz el único de los tres con tripulación que ofreció resistencia) provocó la ira del Protector Santa Cruz, quien ordenó el arresto inmediato del embajador chileno Ventura Lavalle por considerarlo cómplice del atentado, aunque fue liberado poco después en miras a un arreglo pacífico con Garrido.
En vez de iniciar una guerra directamente, que pondría en peligro a la naciente Confederación, Santa Cruz intentó entablar negociaciones con el gobierno chileno. Por estos motivos, aceptó todas las condiciones propuestas por Garrido, consistiendo estas en que no se hostilizarían las naves y que si Ramón Freire y sus compañeros regresaban al Perú, se les juzgaría como rebeldes.
El congreso chileno envió a Mariano Egaña con poderes plenipotenciarios para negociar con el Protector Santa Cruz la firma de un "Tratado de Paz" y terminar las disputas entre ambas naciones. El 30 de octubre Egaña llega al Callao junto a las naves Aquiles, Colo-colo, Valparaíso, Monteagudo y Orbegoso. Blanco Encalada era el comandante general de la escuadra.
Egaña presentó los siguientes temas en la negociación:
Andrés de Santa Cruz estuvo de acuerdo con los temas comerciales, y en contra de la disolución de la confederación. Las negociaciones concluyeron en fracaso. En Chile, con solo dos votos en contra (siendo uno el de Andrés Bello) en el Consejo de Estado, Chile declaró la Guerra a la Confederación el 28 de diciembre de 1836, contando con el apoyo de peruanos independentistas quienes se comprometieron a pagar el servicio prestado por el ejército chileno en las campañas restauradoras.
Con la derrota de Salaverry y la definitiva creación de la Confederación Perú-Boliviana, varios militares peruanos se opusieron al proyecto y a Santa Cruz. Uno de ellos, el general Agustín Gamarra no cejó en su empeño de destruir la Confederación y desalojar a las tropas bolivianas del Perú. Gamarra contaba con seguidores como Bujanda, Torrico, Negrón, Frisancho, Frías, Lasarte, Arrisueño; además de lograr por medio de Diego Portales de reconciliarse con el general Antonio Gutiérrez de la Fuente, quien llevaba tiempo exiliado en Chile y se unió a la causa, al igual que otros peruanos como Ramón Castilla, Manuel Ignacio de Vivanco, Andrés Martínez y Felipe Pardo y Aliaga que gestionó incluso la intervención de Chile en la independencia del Perú respecto de la invasión boliviana de Santa Cruz.
Estos hombres pasarían a formar parte del Ejército Unido Restaurador con la misión de restaurar el estado peruano que había sido dividido por Santa Cruz.
Hay que agregar por otra parte que las élites del norte del Perú y de Lima vieron este proyecto con bastante hostilidad al ver que en esta nueva Confederación se imponían los altiplánicos sobre ellos y por qué los tomaban como unos invasores. Es por eso que tomaron un mayor acercamiento con Chile por ese motivo y por ser este también uno de sus más importantes socios económicos.
Persuadido por el ministro Diego Portales, José Joaquín Prieto, declaró la guerra el 11 de noviembre de 1836, con los peruanos del norte contrarios a Santa Cruz y a su confederación. Portales comunicó a Juan Manuel de Rosas la declaración y le solicitó que hiciera lo mismo en virtud del entendimiento tácito entre ambos países y le reiteraba el ofrecimiento de la firma de un tratado de alianza.
El 28 de diciembre de 1836 Rosas escribió al gobernador de Salta Felipe Heredia:
El 13 de febrero de 1837 se produjo un incidente fronterizo cuando una partida boliviana penetró en territorio argentino en la zona de Cochinoca en busca del coronel José Cáceres, quien se encontraba reclutando soldados y lo apresaron.
El 21 de febrero Rosas comunicó a Chile las bases sobre las que la Confederación Argentina firmaría una alianza:
Portales se molestó por el retraso de la declaración de guerra por parte de Rosas y no aceptó incluir en la alianza la restitución de Tarija ni las compensaciones por los daños causados por los unitarios desde Bolivia, porque en esos asuntos no había tenido participación el Gobierno de Chile. En consecuencia, el tratado de alianza quedó en suspenso, pero se convino en una alianza de hecho, por lo que Rosas declararía la guerra a Santa Cruz y no a los estados peruanos.
Tras el inicio de hostilidades contra la Confederación se hace más que evidente la búsqueda de una alianza entre Argentina, Chile, Ecuador y los peruanos contrarios a la Confederación, para buscar su fin. Esto se logró parcialmente con la declaratoria de guerra que el gobierno argentino dio formalmente el 9 de mayo de 1837, pero sin el apoyo de Ecuador, que entró en otro periodo de anarquía interna. Si bien tenían un enemigo común, Argentina actuó de forma separada, porque no había llegado a un acuerdo con el gobierno de Chile.
Debido a esto, durante la segunda mitad del mismo año, Santa Cruz se vio obligado a dividir sus fuerzas: 7000 hombres en el Perú del Norte, 5000 en el del Sur y otros 5000 en la frontera con Argentina.
Las relaciones entre la confederación Perú-Boliviana y la Confederación Argentina se habían deteriorado, entre otras razones por el apoyo de Santa Cruz a grupos unitarios que realizaron al menos cuatro incursiones desde el sur de Bolivia a las provincias del noroeste argentino en los años previos a la guerra, una de ellas fue la del coronel unitario Javier López en 1834 que culminó con su derrota en la batalla de Chiflón. Un nuevo intento de López en 1835 fue derrotado en la batalla de Monte Grande. También en 1835 Felipe Figueroa invadió la provincia de Catamarca y en 1836 Mariano Vásquez contando entre sus filas a fuerzas bolivianas, atacó poblados puneños.
El 16 de mayo de 1837 el Gobernador de Buenos Aires y encargado de las relaciones exteriores de la Confederación Argentina, Juan Manuel de Rosas, designó a Alejandro Heredia como «General en Jefe del Ejército Argentino Confederado de Operaciones contra el tirano General Santa Cruz». Previamente, el 13 de febrero, había declarado cerrada toda comunicación comercial, epistolar y de cualquier género entre los habitantes de la República Argentina y los de Perú y Bolivia, declarando "traidor a la patria" a cualquiera que cruzara la frontera hacia esos países.
El 19 de mayo de 1837 Rosas declaró que "la Confederación Argentina está en guerra con el gobierno de Santa Cruz, y sus sostenedores".
Aunque Rosas le envió a Heredia 500 tercerolas y carabinas, 900 fusiles, 700 sables, 3500 piedras de fusil y unos 54 500 cartuchos, no lo apoyó efectivamente, quedando el noroeste argentino vulnerable a los ataques de las fuerzas de Santa Cruz.
Santa Cruz ordenó a Braun que se mantuviera a la defensiva mientras él concluía la guerra contra Chile, pero aprovechando la inactividad de Heredia (quien continuaba en Tucumán preparando el ejército y había dejado a cargo del general Alemán la frontera, este sólo había desplegado 380 hombres dispersos en las localidades fronterizas como Yavi, La Quiaca, Santa Catalina, San Juan y otros puntos de la Puna), el general Braun concentró sus tropas en la estratégica Tupiza y en agosto de 1837 destacó dos columnas hacia el territorio argentino.
La columna occidental con 100 soldados, luego de pasar por Talina, el 28 de agosto ocupó La Quiaca, sorprendiendo a las autoridades de Jujuy, que se entregaron. Ese mismo día tomaron también Cochinoca.
La columna oriental, luego de pasar por Moraya, ocupó el 29 de agosto las aldeas de Santa Victoria e Iruya, en donde se rindieron las fuerzas del excoronel unitario Manuel Sevilla que las custodiaban, quien se pasó a las fuerzas bolivianas. La columna continuó luego por la quebrada de Humahuaca.
Ambas columnas se reunieron el 11 de septiembre en Humahuaca.
Al enterarse Alejandro Heredia de la invasión el 9 de setiembre, envió a su hermano Felipe con 400 hombres de las fuerzas que el 1 de setiembre habían llegado a Jujuy, un escuadrón del regimiento Restauradores a Caballo, otro del Cristinos de la Guardia, un escuadrón de milicia y una compañía de tiradores.
Las fracciones de vanguardia bolivianas ocuparon el pueblo de Humahuaca el 11 de septiembre. Al día siguiente, Felipe Heredia tras varias cargas logró derrotar a las fracciones de vanguardia de Braun en el Combate de Humahuaca o de la Herradura, recuperando el pueblo de Humahuaca, pero al perseguir a los bolivianos se encontró con una fuerza al mando del teniente coronel Fernando María Campero Barragán enviada en apoyo para facilitar la retirada. Al día siguiente se produjo el Combate de Santa Bárbara, unos 4 km al norte de Humahuaca en donde Heredia derrotó a las fuerzas bolivianas de Campero que contaban con unos 220 hombres de infantería y un grupo de caballería y que se replegaron hacia el norte en dirección a Chorrillos (algunas fuentes bolivianas citan a este combate como una victoria propia en donde dejaron 20 muertos y produjeron 150 bajas a un ejército argentino de 800 hombres). En este combate las fuerzas bolivianas dejaron 15 muertos y 10 prisioneros y las argentinas 9 muertos y 8 heridos (según fuentes argentinas).
El 11 de diciembre el capitán Aramayo logró una victoria sobre el comandante boliviano Colqui en el Combate de Vicuñay cerca de la aldea de Tres Cruces (al Noroeste de Jujuy), Colqui y 20 de sus hombres cayeron prisioneros.
Debido a una serie de sublevaciones en varias provincias argentinas (en septiembre de 1837 se amotinó en Salta el Batallón Cazadores de la Libertad; el 2 de febrero de 1838 se amotinaron en Humahuaca los Coraceros de la Muerte; el 29 de marzo de 1838 se sublevó en Santiago del Estero el coronel Carrillo), las fuerzas de Heredia fueron replegadas hacia Salta, mientras que las bolivianas se replegaron hacia Yavi. Luego de producirse la Paz de Paucarpata el 17 de noviembre de 1837, por la cual Chile quedó momentáneamente fuera de la guerra, el mariscal Santa Cruz pudo concentrar sus esfuerzos en el frente argentino, por lo que en enero de 1838 Braun volvió a avanzar y Heredia retrocedió concentrado sus fuerzas en Itaimari y Hornillos.
El 2 de enero de 1838 un destacamento al mando del capitán Gutiérrez atacó una fracción boliviana de 16 hombres en el Combate de Rincón de las Casillas, (3 kilómetros al sur de Negra Muerta en Salta) 10 de los cuales quedaron prisioneros. Mientras esa noche, dos fracciones bolivianas combatieron entre sí por error en la oscuridad en Negra Muerta confundiéndose con las fuerzas argentinas que tomaron la localidad, luego los destacamentos bolivianos se replegaron hacia Iruya.
Heredia lanzó varios destacamentos para hostilizar el avance de Braun, el coronel argentino Gregorio Paz logró tomar San Antonio de los Cobres en la quebrada del Toro, el coronel argentino Mateo Ríos avanzó desde San Ramón de la Nueva Orán hacia Iruya y el teniente coronel argentino Baca realizó acciones de hostigamiento, por lo que Braun volvió a retroceder. Poco después Chile regresó a la guerra y el peligro de una gran invasión del ejército de Santa Cruz al norte argentino se diluyó. El 28 de marzo el almirante francés Leblanc inició el bloqueo del Río de la Plata en apoyo del mariscal Santa Cruz[cita requerida]; la intervención francesa favoreció ampliamente a los peruanobolivianos y debilitó a los argentinos.
El general argentino Gregorio Paz inició la marcha el 27 de abril de 1838 desde Humahuaca, marchando por la zona de selvas de yungas y el Chaco, comandando su vanguardia el coronel Mateo Ríos.
El 29 de mayo se libró el Combate de la Laguna Acambuco y las fuerzas argentinas ingresaron en territorio actualmente boliviano tomando el poblado de Carapari, donde el comandante boliviano Cuellas con su escuadrón, desertó uniéndose a Paz luego del Combate de Zapatera el 3 de junio.
El 3 de junio Paz logró la victoria en el Combate de San Diego en la que participaron la segunda compañía de granaderos, 15 tiradores del regimiento Coraceros Argentinos y una compañía del batallón Defensores. Logrando ingresar en el valle tarijeño de San Luis, ocupando el pueblo de ese nombre (hoy Entre Ríos, capital de la provincia de Burdet O'Connor), librando el 9 de junio el Combate de El Pajonal en donde el teniente coronel Ubiens con 200 hombres no pudo cortar la retirada de las fuerzas bolivianas que lograron escapar.
Paz llegó cerca de Tarija desde donde retrocedió el 24 de junio, ante la superioridad numérica de las fuerzas de Braun que habían recibido en refuerzo desde Tupiza y milicianos locales al mando de Eustaquio Méndez, siendo su retaguardia de 300 hombres aniquilada en la Cuesta de Coyambuyo (o Combate de Montenegro) en las proximidades de Padcaya, debiendo retirarse Paz hacia el territorio argentino hostilizado continuamente. En esta batalla los bolivianos capturaron a 20 oficiales argentinos.
El 5 de junio el coronel argentino Virto inició su marcha desde San Andrés (60 km al este noreste de Humahuaca, en territorio de Salta) rumbo al Abra de Zenta, recibiendo luego la incorporación de fuerzas jujeñas al mando del coronel Iriarte.
El 11 de junio Virto atacó Iruya pero tras varios intentos no logró tomarla y debió retirarse, obteniendo así los bolivianos de Timoteo Raña el triunfo en el Combate de Iruya.
El prestigio de Heredia se vio debilitado en Tucumán, por lo que el pueblo tucumano, el 12 de noviembre, se levantó contra el ejército de este. Al mando de Alejo Córdoba, comandante del Regimiento N.º 9, estalló la rebelión denominada Coalición del Norte, siendo asesinado el general Alejandro Heredia. El comandante Rentería sería el encargado de sofocar esta revolución al mando de 50 hombres desalojando al militar alzado. Los gobernadores de las provincias del noroeste de Argentina no deseaban prolongar la guerra.
Santa Cruz reclamó la anexión de parte del territorio argentino de las Provincias de Salta y Jujuy, en el que se hallan las poblaciones de Santa Catalina, Yavi, Santa Victoria, Cangrejillos, Pueso, Abra Pampa, Cochinoca, Pastos Chicos, y otras. Las puso bajo dependencia del Departamento de Tarija a través de gobiernos títere.
A pesar de la retirada y disolución del ejército argentino, y el posterior asesinato de Heredia, quedaron en situación de vigilancia en la frontera el general Braun y sus tropas lo que significó para la confederación Perú-boliviana, la disminución de un significativo número de soldados para enfrentar la nueva campaña que el gobierno chileno y los restauradores peruanos, tras el desconocimiento del Tratado de Paucarpata, preparaban esta vez sobre el norte del Perú.
El contexto internacional no era favorable para los enemigos de la Confederación. Santa Cruz contaba con apoyo internacional de Gran Bretaña, Francia y Estados Unidos, mientras que Ecuador no se atrevió a intervenir. Por otra parte, la intervención de Chile tuvo una mala acogida en su opinión pública, pues no se comprendían las razones del enfrentamiento.
El gobierno chileno estableció estado de sitio y dotó de facultades extraordinarias al Poder Ejecutivo para actuar autoritariamente. En 1837 se promulgó la Ley de los Consejos de Guerra, tribunales que se regían por el severo código militar y que carecían del recurso de apelación. La oposición liberal acusó a Portales de autoritario, al tiempo que se desplegaba contra él y la guerra una intensa campaña en la prensa.
La tensión política y la oposición general a la contienda se trasladaron al ejército. José Antonio Vidaurre, jefe del Regimiento Maipo acantonado en Quillota, apresó a Portales cuando este pasaba revista a los soldados. Las tropas sublevadas se dirigieron a Valparaíso con el fin de apoderarse de esta plaza, pero Manuel Blanco Encalada movilizó a la infantería de línea, alertó a la Escuadra y con la valiosa ayuda del general peruano Ramón Castilla y sus tropas de caballería, también acantonadas en Quillota, se dio el encuentro de la Caballería y se derrotó a los sublevados, condenando a muerte a sus jefes y oficiales por la rebelión. No obstante, en la retaguardia de los sublevados, el capitán Santiago Florín dicta la orden de fusilar a Portales.
En una misiva que el ministro Portales envió al almirante Blanco Encalada, antes del inicio de las negociaciones entre el enviado de su país Mariano Egaña y el protector Andrés de Santa Cruz, exponía los motivos por los que, a su juicio, irremediablemente tendría que darse una guerra y la Confederación a menos que esta se disolviera, estos motivos eran de índole política, económica, sociológica e incluso racial.
El 30 de octubre de 1836 zarpó al Perú una escuadra de cinco buques al mando del almirante Manuel Blanco Encalada, la fragata Monteagudo, el bergantín Orbegoso, el bergantín Aquiles, la goleta Colo Colo y la corbeta Valparaíso, llevando a don Mariano Egaña Fabres, nombrado Ministro Plenipotenciario de Chile ante el Gobierno del Mariscal Andrés de Santa Cruz, con los poderes necesarios para celebrar un tratado que resolviera las cuestiones pendientes o para declarar la guerra, si ese gobierno se negara a dar las satisfacciones y seguridades que Chile exigía. Egaña presentó ante Santa Cruz varios temas en la negociación. Andrés de Santa Cruz estuvo de acuerdo con los temas comerciales, y en contra de la disolución de la confederación. Las negociaciones concluyeron en fracaso.
Tras el inicio de hostilidades contra la Confederación, se hace más que evidente la búsqueda de una alianza entre Argentina, Chile, Ecuador y los peruanos contrarios a la Confederación, para buscar su destrucción.
Esto se logra más adelante con la declaratoria de guerra que el gobierno argentino dio formalmente el 9 de mayo de 1837, pero sin el apoyo de Ecuador que entró en otro período de anarquía interna. Si bien tenían un enemigo potencial común, Argentina actuó de forma separada.
El almirante Manuel Blanco Encalada, al mando de la Escuadra, se había mantenido en El Callao mientras duraban las negociaciones para evitar la guerra. Habiéndose declarado ésta, comenzó las operaciones contra la Armada Confederada Perú-Boliviana. El objetivo era neutralizar la armada confederada para que Chile obtuviera el dominio absoluto del mar y así dar paso a la campaña terrestre.
Blanco Encalada conociendo que los buques peruanos, la corbeta Libertad y el bergantín Fundador, ahora denominado Congreso, y la goleta Flor de Mar se habían dirigido a Ecuador, zarpó con la fragata Monteagudo, y el bergantín Orbegoso hacia ese país. Tres días después lo seguían el bergantín Aquiles y la corbeta Valparaíso.
Horas antes del arribo de la flota chilena, el bergantín Congreso pasó por Puná y siguió río arriba. Blanco Encalada al enterarse de la noticia se internó también en el río hasta llegar con los buques al frente del puerto de Guayaquil. Allí se encontraban los buques peruanos, las goletas Flor de Mar y Limeña y los bergantines Catalina y Congreso. Este último traía armas y municiones para los otros buques.
Como el Ecuador era neutral nada podía hacer en el puerto el almirante Blanco Encalada y regresó dos días más tarde a la isla de Puná. Blanco dejó al bergantín Orbegoso y la fragata Monteagudo al mando del comandante Manuel Díaz, en espera de la salida de los buques peruanos para capturarlos en altamar, mientras él se regresaba a bloquear El Callao con la corbeta Valparaíso y el bergantín Aquiles.
Blanco Encalada recalo en Paita donde esperaba encontrar a la goleta Yanacocha, pero está ya había zarpado con destino al puerto del Callao. Hacia allí, siguió el almirante dispuesto a bloquear el puerto.
El protector Andrés Santa Cruz no deseaba la guerra con Chile y hacia todo lo que razonablemente podía para evitarla. Fue así como al llegar Blanco se encontró que en el Callao se hallaban detenidos cuatro mercantes chilenos. El protector, después de cambiar notas con Blanco, los dejó libre; a cambio, se comprometería a no comenzar el bloqueo del puerto en lo que respecta a neutrales por un plazo determinado.
El 21 de enero de 1837 se da la primera acción de la guerra cuando mientras Blanco Encalada mantenía el bloqueo en el Callao, una flotilla de lanchas cañoneras confederadas sale del apostadero aprovechando la neblina para atacar y abordar los buques chilenos. La presencia de estas lanchas es descubierta y rápidamente los chilenos sacan sus buques a alta mar y al levantarse la niebla los buques chilenos se lanzan al ataque. Las cañoneras ante el ataque viraron para refugiarse al puerto y cubrirse con los fuegos de los Castillos del Callao, donde a pesar del fuego de las baterías, los buques chilenos se adentraron para atacarlas y para intimar a los buques confederados que se encontraban en el lugar a salir de su fondeadero. Finalmente los buques salen del fondeadero sin sufrir daños de consideración.
Después de esta acción, Blanco Encalada había ordenado al comandante Roberto Simpson mantener el bloqueo del Callao frente a la Isla San Lorenzo con el bergantín Aquiles mientras él con la corbeta Valparaíso fue a Huacho donde hizo aguada. En seguida puso proa al sur, con destino a Valparaíso donde lo llamaba el gobierno.
Al estar el bergantín Aquiles solo frente al puerto, el 5 de febrero salió a batirlo la goleta Yanacocha al mando de Miguel Balareso. Un combate frente a la isla San Lorenzo a larga distancia se produjo entre ambos buques durante algunos minutos, luego la goleta Yanacocha desistió del combate y se retiró al fondeadero mientras iba siendo perseguido por el bergantín Aquiles causándole algunos daños estructurales.
Más adelante a pesar de los esfuerzos por mantener un bloqueo fuerte, la goleta Yanacocha lograría escapar a las costas de Ecuador donde se reuniría con la corbeta Libertad en el río Guayas para refugiarse. En cuanto al bergantín Aquiles con la llegada del bergantín Napoleón al Callao se decidió regresar a Chile.
Por otra parte, en las costas ecuatorianas el comandante Manuel Díaz con el bergantín Orbegoso y la fragata Monteagudo se mantuvo tres meses en Puná, esperando la salida de los buques peruanos para destruirlos o capturarlos.
En la noche del 13 al 14 de febrero los buques confederados después de varios intento fallidos por escapar, protegidos por la oscuridad, se hicieron a la mar saliendo por la boca de Maquillán y navegando por el canal del Morro. La escuadrilla confederada dejó atrás al bergantín Catalina de manera que al amanecer este apareció subiendo el río, por lo que se hizo creer a bordo de los buques chilenos que ese rumbo habían tomado los confederados.
Solo dos días después, y gracias a una nave mercante, Díaz supo que habían salido a alta mar. Determinado el comandante chileno a salir en su persecución levó anclas y cazó sus velas. Al salir del río se encontró con el bergantín mercante Napoleón que le traía provisiones. En alta mar frente a Guayaquil se encontró con los bergantines Arequipeño y Aquiles que traían órdenes de Chile. En cumplimiento de estas, los buques tomaron rumbos distintos: el bergantín Orbegoso se quedó frente a Guayaquil, la fragata Monteagudo salió con rumbo a Talcahuano mientras que el Aquiles y el Arequipeño quedaron al mando de Roberto Simpson.
La operación marítima no dio los resultados esperados. La escuadrilla confederada que estaba en Guayaquil había huido al puerto del Callao, lugar donde un ataque era imposible debido a las defensas que tenía el apostadero. Pese a esto, el 8 de diciembre de 1836, llegó a Chile la corbeta confederada Libertad para entregarse a la Comandancia General de Marina, debido al hostigamiento de la escuadra chilena, lo que provocó que la tripulación del buque se revelara en contra de las autoridades confederadas. Además, el gobierno de Chile dio el siguiente paso de la guerra, llevando fuerzas terrestres por mar para derrotar el ejército confederado y disolver la Confederación Perú–Boliviana.
Después de organizar la expedición, zarpa el 15 de septiembre de 1837 la que sería la Primera Expedición Restauradora enviada por el gobierno de Chile junto a los peruanos contrarios a la Confederación. La fuerza expedicionaria leva ancla embarcados en 16 transportes y lo convoyaban los buques de guerra Libertad, Aquiles, Monteagudo, Valparaíso, Arequipeño, Orbegoso y Santa Cruz que iban al mando del capitán de fragata Roberto Simpson. La expedición quedó bajo el mando de Manuel Blanco Encalada y estaba compuesta por una fuerza total de 3.200 hombres entre los cuales figuraba una columna peruana de exiliados compuesta de 402 hombres al mando del general Antonio Gutiérrez de la Fuente. Las acciones de los restauradores estarían coordinadas con tropas argentinas del general Alejandro Heredia para poner dos frentes al enemigo.
La fuerza expedicionaria al salir de Valparaíso tocó puerto en Iquique el 22 de septiembre, ante la frialdad de la población y de las autoridades, la expedición continua inmediatamente al norte considerando el mando expedicionario el escaso valor estratégico de la permanencia de la expedición en ese puerto, zarpan con destino al puerto de Arica donde arriba el 24 de septiembre. El almirante Blanco esperaba en este puerto la adhesión al bando expedicionario al coronel boliviano López de Quiroz, a la sazón prefecto de la provincia Litoral de Moquegua con sus tropas que ascendían a 900 hombres. López había prometido unirse a él una vez llegada la expedición pero al llegar a territorio peruano no se pudo contactar ni lograr una señal de él.
Blanco al llegar a Arica había mandado enviar una fuerza para una acción de guerra sobre el puerto atacameño de Cobija, acción que se verifica el 27 de septiembre con una pequeña escuadra compuesta por el transporte Napoleón y la goleta de guerra Peruviana.
la toma de Cobija duró 11 días, tiempo que se utilizó para requerir información y abastecerse de algunas vituallas que encontraron en los almacenes, el 8 de octubre se da la orden de zarpe para dirigirse al norte para reunirse al resto de la expedición.
En tanto en Arica ante la frialdad de los escasos pobladores que habían permanecido en la ciudad durante la ocupación expedicionaria, con el engaño manifiesto por parte del prefecto López de Quiroga, el almirante Blanco Encalada da la orden de embarcar y poner proa al puerto de Islay, donde llegan el día 29 de septiembre, las condiciones del puerto eran tan malas que en el intento naufragó el transporte Carmen donde iba la división peruana. No ocurrieron desgracias humanas pero se perdió armamento y una buena cantidad de pertrechos; sólo el 4 de octubre se verifica el desembarco un poco más al norte en el puerto de Quilca, iniciándose de inmediato la marcha para tomar la ciudad de Arequipa.
Las tropas expedicionarias atravesaron el arenal lleno de cuestas que los separa de su objetivo sufriendo algunas irregularidades. Blanco durante la marcha a la ciudad envió parlamentarios hacia Arequipa así como algunas avanzadas militares para vigilar el movimiento del enemigo. Estas avanzadas tuvieron algunos tiroteos con algunas milicias confederadas.
El 12 de octubre el ejército restaurador ocupó Arequipa (en el Estado Sud-Peruano), pero no encontró la ayuda y adhesión que le habían augurado los agentes peruanos. Mientras los restauradores permanecieron inactivos a la espera de pronunciamientos en su favor las fuerzas confederadas provenientes del norte peruano y de Bolivia al mando del general Santa Cruz lograron reunirse, conformando aproximadamente un ejército de 5000 soldados de las tres armas, para luego avanzar hacia la ciudad de Arequipa. Mientras también otra división confederada al mando del general Antonio Vigil proveniente de Lima salió de aquella ciudad por orden de Santa Cruz con el objetivo de ir al sur para cortar las comunicaciones entre la escuadra chilena y el ejército de Blanco.
Los restauradores había cometido el mismo error que el general Felipe Santiago Salaverry el año anterior, quien con su ejército restaurador expedicionó también a Arequipa donde tras ser rechazado por la población fue derrotado en la Batalla de Socabaya por el ejército unido de Santa Cruz. A esto agregarle la inactividad de Blanco Encalada por hacer algo para cambiar la situación llevaría al pronto desastre de la campaña. Por otra parte, el ejército expedicionario en su camino a Arequipa y en su estancia en ella había sufrido varios problemas por el cansancio y las enfermedades que se produjeron y debilitaron el ejército dejando sin posibilidad de enfrentar con éxito al ejército confederado de Santa Cruz.
Mientras esto sucedía en tierra, en el mar algunos buques de la armada chilena empezaron a bloquear puertos peruanos. La goleta Peruviana al mando del teniente primero Tomás Ruedas luego de regresar de su misión en Cobija y al no encontrar al resto de la escuadra en Islay zarpó al norte del Perú con la misión de hostigar sus puertos, interferir el comercio por ellos y capturar los mercantes que encontrara a su paso. En estas andanzas arribó al puerto de Santa el 26 de octubre, creyendo que el puerto estaba desguarnecido mando una lancha tripulada por 15 hombres para hacerse de agua dulce sin embargo el capitán del puerto Juan Seguín reunió y armó a un grupo de milicianos con los cuales atacó a los marinos chilenos venciéndolos después de un reñido tiroteo. La goleta se retiró del puerto hacia otra dirección.
Al llegar a la ciudad el ejército confederado maniobró hasta ocupar posiciones favorables en el alto de Paucarpata que Santa Cruz calificó como el balcón de Arequipa. Inmediatamente ordenó a las tropas que se movilizaran para un posible combate ante el posicionamiento de los restauradores pero al no realizarse combate alguno, Santa Cruz hizo que pasase rancho a las tropas y se establecieran partidas de vigilancia en diversos puntos, luego Santa Cruz envió una nota a Blanco Encalada proponiéndole el inicio de conversaciones de paz lo que este aceptó.
Ante esta nueva situación y luego de dos negociaciaciones donde Blanco Encalada pidió garantías para sus tropas y para Chile celebraron el 17 de noviembre el Tratado de Paucarpata por parte de la República de Chile: Blanco Encalada y Antonio José de Irisarri y por parte de la Confederación Perú-Boliviana: Anselmo Quiroz y el chileno Ramón Herrera quien era presidente del Estado Sud-Peruano. El tratado establecía la devolución de los barcos apresados por Chile, el restablecimiento de las relaciones comerciales, la retirada de los ejércitos restauradores con todos sus implementos y el reconocimiento de la deuda reclamada por el gobierno chileno por el apoyo brindado a la Independencia del Perú. El cumplimiento del Tratado fue puesto bajo la garantía del Gobierno del Reino Unido.
En los días siguientes el ejército chileno se dirigió a la caleta de Quilca de donde se reembarcó para su patria, quedaron en la ciudad, junto al coronel Antonio Irrisari, aproximadamente cien oficiales y soldados enfermos.
El acuerdo de Paucarpata estipulaba que los barcos de guerra confederados apresados antes de la guerra por orden de Diego Portales: la barca Santa Cruz, el bergatín Arequipeño y la goleta Peruviana debían ser devueltos pero esto no se concretó. La goleta Peruviana al arribar a Pisco el 22 de diciembre se le impuso la firma del Tratado de Paucarpata. Apremiado por el gobernador de Pisco, al no entregarle más víveres que los necesarios para llegar a El Callao, recaló en ese puerto, donde se le exigió la entrega de la nave. Como el Comandante de la Peruviana, Tomás Ruedas no había recibido instrucción alguna del Gobierno de Chile, trató de zarpar inmediatamente después de una reunión con el Ministro de Guerra, pero la falta de viento lo impidió, siendo capturado junto a su tripulación luego de un combate en su cubierta.
En diciembre, cuando Blanco Encalada llegó a Valparaíso, los términos del acuerdo no sólo no convencieron sino que fueron ampliamente rechazados por gobierno chileno y a la opinión pública en general que ahora estaban totalmente a favor de la guerra. Tanto Blanco Encalada como Antonio José de Irisarri fueron acusados y juzgados como responsables de este fracaso, aunque finalmente fueron absueltos.
Se han hecho severas críticas por no haberse derrotado en esta oportunidad al ejército expedicionario que era numéricamente y materialmente inferior, al que se le dejó partir con sus elementos bélicos pudiéndose haber conseguido una victoria decisiva contra los opositores del proyecto confederado. Se cree que debido al americanismo imperante entre los personajes representantes de ambos ejércitos se llegó al acuerdo mutuo de paz.
A pesar del desafortunado final de las fuerzas expedicionarias, al año siguiente se prepararía una segunda expedición que volvería al Perú para destruir la confederación.
Tres días después de la ocupación de Arequipa por las fuerzas expedicionarias provenientes de Chile, zarpó del Callao una escuadra confederada al mando del general venezolano José Trinidad Morán, quien con 400 hombres a bordo de las corbetas Socabaya y Confederación y el bergantín Congreso, tenía como misión incursionar en las costas chilenas, hostilizar sus puertos y liberar al general chileno Ramón Freire quien, tras correr peligro de ser condenado a muerte, había sido recluido en el presidio ubicado en las islas de Juan Fernández.
Mientras el ejército restaurador permanecía inactivo en Arequipa y el ejército confederado de Santa Cruz se aproximaba a la ciudad, la expedición de Morán continuó su viaje arribando el 14 de noviembre en las islas Juan Fernández. Allí, Morán tuvo conocimiento de que Freire había sido exiliado a Australia, donde permaneció hasta 1842.
La guarnición chilena compuesta por 51 soldados al mando del teniente del batallón Carampangue Andrés Campos, quien además era gobernador de la isla, fue tomada completamente por sorpresa. El general Morán envió al sargento mayor Nicolás Freire, sobrino peruano del general Ramón Freire, a solicitar la rendición y entrega de la plaza, armas y municiones. La pequeña guarnición de la isla rehusó rendirse y luego de una respetable resistencia tuvo que retirarse al interior de la isla donde finalmente se llegó a un acuerdo donde se toma la isla. Los términos de capitulación fueron suscritos a efecto de «evitar la efusión de sangre infructuosa por la escasez de recursos que el expresado gobernador tiene para hacer una honrosa defensa y salvar sus responsabilidades». El artículo 2.º establecía que «todos los señores que se hayan confinados en esta isla por el gobierno de Chile quedan en completa libertad»; por otra parte, el artículo 3.º señalaba que los oficiales chilenos y sus familias quedaban en completa libertad de abandonar la isla o permanecer en ella, según fuera su parecer, con la sola condición de «no poder en ningún tiempo durante esta guerra tomar las armas contra la Confederación».
Tras destruir las instalaciones del presidio y las defensas militares de la isla, la expedición confederada se reembarcó, no sin antes recibir en sus buques a 24 individuos de la guarnición y 16 de los confinados. Aquellos que no quisieron esa opción, se embarcaron en la corbeta ballenera estadounidense George Washington que los trasladó al continente.
Tras obtener la capitulación de la guarnición chilena de la isla Juan Fernández y ocupar brevemente la población, la escuadra confederada al mando del general José Trinidad Morán zarpó en demanda del puerto de Talcahuano a donde arribo el 23 de noviembre y donde se produjo un enfrentamiento. Tras adelantarse el general Morán con la corbeta Socabaya a reconocer el puerto, el cual se encontraba defendido por dos fuertes y una guarnición de soldados, y luego de desistir de batir los fuertes por las nulas ventajas que esto le traería, según expreso en su parte oficial, ordenó que dos lanchas tripuladas con 8 hombres cada una al mando de los tenientes Loayza y Valle Riestra se dirigieran al fondeadero con la finalidad de obtener noticias de los buques extranjeros que se encontraban surtos en el lugar. Al aproximarse las lanchas al fondeadero los defensores en tierra creyendo que se trataba del preludio de un desembarco abrieron fuego sobre ellos logrando alcanzar sus disparos a dos marinos peruanos que resultaron muertos. Cumplido su cometido bajo el fuego enemigo y tras informarse de la inminente llegada de tropas chilenas provenientes de Concepción al mando del intentende Manuel Bulnes las dos lanchas confederadas regresaron a la corbeta Socabaya. Cuando el general Bulnes arribó al puerto hizo desplegar sus fuerzas en la playa permaneciendo los confederados en la bahía hasta las 6 de la tarde en que soltaron velas retirándose del lugar.
Con la finalidad de reconocer y hostilizar las costas chilenas la expedición de Morán zarpó al norte arribando al puerto de San Antonio el 28 de noviembre donde capturó al bergantín mercante Feliz Inteligencia que no opuso resistencia. Luego intento un desembarco al puerto cuyos defensores, según refiere en su parte el general Morán, habían enarbolado una bandera de parlmento sin embargo a poco de desembarcar los cinco hombres que conducía el bote que para tal efecto había enviado escoltado por una lancha artillada al mando del alférez Vieiras, fueron emboscado por las milicias de la población siendo tres de ellos tomados prisioneros y habiendo logrado ganar la lancha a nado los dos restantes. Tras contestar el fuego que le dirigían de tierra con la metralla del cañón que portaba la lancha confederada retorno a su corbeta habiendo llevando consigo dos hombres muertos y cuatro heridos, entre estos últimos el alférez Vierias. Para contrarrestar el ataque la corbeta Socabaya dirigió ocho cañonazos sobre los defensores logrando dispersar a las milicias de huasos montandos que habían hecho aparición a galope.
Luego de capturar un segundo mercante chileno cerca de Valparaíso, los confederados recalaron en el puerto de Huasco donde la población indefensa fue víctima de algunos disparos de las tropas confederadas.
La última operación de los confederados en las costas chilenas fue en Caldera, puerto donde se sabía estaban almacenadas barras de oro, plata y cobre. Al producirse el ataque en el puerto término en un fracaso, los botes no contaron con el apoyo de la artillería de a bordo y los tiradores desde la playa hicieron estragos entre los atacantes obligándolos a regresar con algunas pérdidas, finalmente Morán retira del puerto para regresar definitivamente al puerto del Callao.
La expedición de Morán a su regreso al Perú, sería homenajeada por el Protector Andrés de Santa Cruz el 27 de diciembre en Lima. Morán también se enteraría de la firma del Tratado de Paucarpata el cual ponía fin a las hostilidades con Chile.
El crucero duró 50 días, no encontró resistencia alguna en el mar y solo obtuvo como recompensa dos buques mercantes, no se logró interrumpir el comercio y crear el pànico en las poblaciones costeras. Además de intentar rescatar a Ramón Freire.
Algunos autores chilenos sostienen que la expedición Morán tenía por finalidad también ocupar el puerto de Talcahuano, promover pronunciamientos y sublevaciones en el ejército chileno y capturar a su jefe el general Bulnes, esto sin embargo no ha sido documentalmente demostrado, no existiendo mención a estos supuestos planes en las comunicaciones y partes que desde puertos chilenos dirigió el general Morán al protector Andrés de Santa Cruz.
En 1838, el gobierno de Chile organizó una segunda expedición, de 5.400 hombres, bajo el mando del general Manuel Bulnes Prieto, quien era primo del Presidente chileno. El Ejército Unido Restaurador tenía la order de buscar la seguridad de los países limítrofes al destituir a Santa Cruz, y lograr la independencia del Perú restituyendo la república al estado anterior al de la Confederación. Un convoy de 26 barcos partió de Chile el 19 de Julio, hacia Perú. Bulnes era el comandante en jefe, el coronel José María de la Cruz fue nombrado jefe de estado mayor. Los generales peruanos Agustín Gamarra, Ramón Castilla y otros promotores de la unificación del Perú contra la invasión boliviana al Perú se integraron a la expedición, recibiendo el mando de las divisiones restauradoras.
El presidente del Estado Nor-Peruano Luis José de Orbegoso declaró la independencia del Estado Nor-Peruano,el 30 de agosto de 1839, provocando la primera secesión importante contra la Confederación Perú-Boliviana. Las tropas confederadas que obedecían a los generales Otero y Morán se retiraron a Junín, mientras Orbegozo expidió un decreto el 30 de Julio para restituir las insignias peruanas del ejército peruano que habían sido reemplazadas por las bolivianas.
Orbegoso, encabezó junto con los detractores de la confederación una campaña militar contra Andrés de Santa Cruz e inicialmente se mostraron adeptos a la alianza peruano-chilena, pero los actos vandálicos cometidos por los chilenos en suelo Nor-peruano y el poco interés que mostraban sus generales en prevenirlos provocó que la República Peruana del Norte declarara la guerra tanto a la Confederación como al Ejército Unido Restaurador.
Las fuerzas restauradoras desembarcaron en Ancon en agosto y continuaron su avance hacia Lima donde encontraron con las fuerzas peruanas comandadas por Orbegoso, Nieto y Vidal en las afueras de Lima. La diferencia numérica era abrumadora: unos 4.800 “restauradores” frente a unos 1300 peruanos “orbegosistas”. Pese a ello, el 21 de agosto de 1838 se produjo el Combate de Portada de Guías (llamado así por haberse realizado frente a una portada de la ciudad, situada en el actual cruce de las avenidas Túpac Amaru y Caquetá), en el cual los restauradores lograron la victoria y ocuparon Lima, donde se dedicaron al pillaje y al incendio.
Orbegoso permaneció oculto en Lima durante unos días, hasta que se dirigió disfrazado al Callao, siendo reconocido. Recibido a balazos, se ocultó en la orilla del mar, donde lo envolvió una ola y estuvo a punto de morir, hasta que al día siguiente, empapado y friolento, halló refugio en la fortaleza del Real Felipe del Callao, ocupada por las tropas supervivientes de Guías al mando de Domingo Nieto. Desde allí calificó al ejército chileno como invasor y declaró que se proponía hacerle la guerra con el mismo empeño que al ejército de Santa Cruz; y que sólo deseaba favorecer la reunión de un congreso que decidiese libremente la suerte del país. No obstante, se negó a tratar con Gamarra, cuando este le ofreció formalizar un compromiso para batir juntos a Santa Cruz.
Santa Cruz, haciendo gala de su típica astucia, convenció a Orbegoso para que lo apoyara, prometiéndole que reuniría el Congreso luego de arrojar a los invasores. Orbegoso lo creyó y anunció el 20 de octubre de 1838 su nuevo entendimiento con Santa Cruz. Es así que Santa Cruz en su astucia logró mantener al estado rebelde como una república autónoma al ponerlo en contra de los aliados restauradores, provocando la inminente invasión del norte confederado; y poniéndose en su lugar al gobierno provisional peruano de Agustín Gamarra desconociendo al régimen de Luis José de Orbegoso. Al año, los confederados lanzaron una campaña de reconquista en el norte provocando la huida de los restauradores y reanexándose el territorio del norte peruano.
Ante la ocupación de Lima y el Callao, Santa Cruz empleó la notable pero tardía ayuda de varios extranjeros y marinos mercantes, quienes formaron una flotilla de corsarios al servicio de la Confederación. El jefe de la flotilla fue el marino francés Juan Blanchet, la cual estaba integrada por la barca Mexicana, la fragata Edmond y las goletas Shanrock y Perú.
La flota corsaria logró éxitos temporales como la suspensión del bloqueo del Callao o la captura de algunos transportes enemigos y del bergantín Arequipeño. Sin embargo, el 12 de enero de 1839 se produjo el Combate Naval de Casma, entre los corsarios franceses contra la armada restauradora, guiada por el capitán chileno Roberto Simpson, que culminó con la muerte de Blanchet, la recaptura del Arequipeño y la retirada de los demás buques sin que sus adversarios pudieran perseguirlos debido a sus averías.
El ejército restaurador se retiró al Callejón de Huaylas y Santa Cruz, alarmado por noticias sobre inminentes sublevaciones de Bolivia y el deseo de adelantarse al arribo de una división chilena de refuerzo, inició su persecución. Ambas fuerzas se encontraron en el combate de Buin, el 6 de enero de 1839, el cual culminó sin resultados concluyentes. Santa Cruz se detuvo en Caraz, mientras sus adversarios se concentraron en el sector norte del Callejón de Huaylas ocupando posiciones defensivas.
Según el diario militar del coronel Plascencia publicado en 1840, la junta de guerra del ejército restaurador(cuyas 4 divisiones se encontraban bajo el mando de los jefes peruanos Torrico, Eléspuru, Vidal y Castilla) decidió por unanimidad tomar la ofensiva ante la escasez de recursos y de víveres. El ejército confederado había avanzado hasta situarse en Yungay, lugar en el que se produjo la Batalla de Yungay, el 20 de enero de 1839. En esta lid, las tropas de la Confederación esperaban resistir la ofensiva enemiga parapetadas en el cerro Pan de Azúcar y en la orilla meridional del río Ancash, y pese a lograr la desbandada de una parte del ejército Restaurador, finalmente una contraofensiva general dirigida por el general Ramón Castilla provocó la derrota Confederada. Una de las causas de la derrota de Santa Cruz, fue que los generales bolivianos Ballivian y Velasco, se habían amotinado junto con batallones bolivianos de reserva, abandonando el campo de batalla; también el coronel Guilarte que tenía al mando 700 soldados, había abandonado su posición sin realizar ningún disparo.
La derrota significó la desintegración de la Confederación y el exilio de Santa Cruz en Guayaquil, Ecuador. Sin embargo, Gamarra prosiguió con su proyecto de unificación y es así como sucede la Guerra entre Perú y Bolivia. La muerte de Gamarra en Ingaví en 1841, provocó la retirada de su ejército de Bolivia y permitió que las tropas bolivianas del general José Ballivián ocuparan el territorio peruano hasta Tarapacá. No obstante, al no contar los bolivianos con tropas suficientes para poder mantener una ocupación prolongada y tras sufrir varias derrotas, ambos contendientes se avinieron a firmar una paz en 1842, previa mediación del Ministro Plenipotenciario peruano José Antonio de Lavalle.
El congreso reunido en Huancayo, el 15 de agosto de 1839, nombra presidente provisional del Perú al general Agustín Gamarra. El general chileno Manuel Bulnes fue nombrado Gran Mariscal de Ancash por el presidente peruano Agustín Gamarra.
El gobierno del Perú pagó al gobierno de Chile la deuda contraída por el servicio prestado por el ejército chileno en la campaña restauradora, y condecoraciones del ejército del Perú.
El Ejército de Chile estaría acantonado en el Perú para evitar alzamientos contra el nuevo gobierno hasta octubre de 1839.
Los oficiales peruanos que sirvieron al ejército de la Confederación fueron retirados de la lista de militares del Perú, entre ellos se encontraban los mariscales Guillermo Miller, Mariano Necochea, José de la Riva Agüero, Blas Cerdeña; los generales de división Francisco de Paula Otero, Luis José de Orbegoso, Domingo Nieto y los generales de brigada Manuel Aparicio, José Rivadeneira, Juan Pardo de Zela, Domingo Tristán y Pedro Bermúdez.
En Bolivia, Velasco derroca a Santa Cruz, Ballivian se autoproclama presidente de Bolivia, pero no tiene éxito; Velasco asume como nuevo presidente de Bolivia. En su gobierno, felicita a Bulnes por su victoria en yungay, realiza la devolución de los territorios ocupados en Salta y Jujuy, y declara oficialmente la secesión de Bolivia de la Confederación Perú-Boliviana.
El triunfo en la Batalla de Yungay es recordado por el Ejército de Chile con el Himno de Yungay, y en el Perú con la creación del Departamento de Ancash (zona donde se realizó la Batalla de Yungay), reemplazando al antiguo Departamento de Huaylas.
La Batalla de Yungay no tiene en la memoria histórica del Perú la misma importancia que tiene en Chile. Mientras en este último país se la recuerda como un hito fundacional de la nación chilena, en el Perú no se conmemora oficialmente, ya que las guerras de la confederación se vivieron más como una guerra civil que como una guerra externa.
Existen versiones encontradas al respecto en la historiografía peruana, hay quienes lamentan la derrota de la confederación, porque se perdió la oportunidad que el Perú fuera un país reconciliado con sus raíces andinas (representadas por la alianza con el Alto Perú), y hay quienes consideran que el "invasor" fue Bolivia (minimizando el papel de la intervención de Chile).
Esto se debe, en parte, a que el Perú estaba profundamente dividido durante la época de la confederación. La élite costeña que gobernaba el Perú desde Lima –militarmente representada por el caudillo cuzqueño Agustín Gamarra– vio en el proyecto confederado una amenaza a su alianza económica con Chile, la que mantenía a través de un comercio por el Océano Pacífico. Las elites costeñas de Lima y el norte del Perú veían con agrado el apoyo de Chile. Por otro lado estaban las élites de la sierra y costa sur peruana, vinculadas cultural y económicamente con el Alto Perú desde la colonia, en donde el proyecto de la Confederación Perú-Boliviana era respaldado.
Esta toma de partidos no estaba exenta de prejuicios racistas, como los poemas satíricos del escritor peruano Felipe Pardo y Aliaga contra "el indio Santa Cruz" y "el cholo Santa Cruz", jefe e ideólogo de la Confederación Perú-Boliviana, a quien Pardo llegó a llamar el "Alejandro Guanaco" (en alusión a Alejandro Magno y a un auquénido típico de los Andes) y el "conquistador ridículo".
La historiografía boliviana recuerda la Confederación Perú-Boliviana como una época de máximo apogeo.
La historiografía argentina sostiene que la guerra fue en la práctica un empate (incluso de hasta una victoria militar dado las victorias que se dieron a finales de la guerra) dado que las operaciones militares lograron, con muchas dificultades, liberar las zonas de Jujuy y de Salta que habían sido invadidas pero no pudieron lograr al objetivo de reincorporar la provincia de Tarija al tener que enfrentar tropas mucho más numerosas y mejor dirigidas por expertos oficiales europeos como el alemán Otto Philip Braun, sin embargo, se logró evitar que la Confederación Perú-Boliviana se apoderara de las provincias del norte argentino, al mismo tiempo que la Confederación Argentina enfrentaba el Bloqueo francés al Río de la Plata.
La historiografía boliviana sostiene que se trató de una victoria militar dado que al declarar la guerra la Confederación Argentina y fracasar en su ofensiva sobre territorio considerado boliviano estratégicamente triunfó la Confederación Perú-Boliviana que además sostenía una guerra de dos frentes. La victoria en la Batalla de Montenegro tiene una especial significación en Bolivia, por esta acción el general Braun obtuvo el grado de Gran Mariscal de Montenegro por el congreso del Estado boliviano.
En la tabla que se detalla a continuación, se nombran las batallas de la Confederación Perú-Boliviana contra el Ejército Unido Restaurador.
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