Entre 1825 y 1826, la villa de Tarija y territorios pertenecientes a su partido (entonces tenencia de gobierno) y otras del vecino departamento de Potosí, fueron objeto de una disputa por su posesión entre las Provincias Unidas del Río de la Plata y la entonces recién independizada República de Bolivia. El litigio se resolvió definitivamente en 1889.
Una real provision del virrey del Perú, Francisco Álvarez de Toledo, del 22 de enero de 1574, permitió al capitán Luis de Fuentes y Vargas, fundar la Villa de San Bernardo de Tarija el 4 de julio de ese año, cuyos dominios eran: 20 leguas hacia el territorio del pueblo de los chichas, la Nueva Chocaya y Tierra de Paz al norte, 30 leguas al este, norte y sud de los pueblos chiriguanos de Guancané, Guacara y Comechones, que estaban comprendidos en la parte septentrional de los Llanos de Manso.
El virrey Juan de Mendoza y Luna, Marqués de Montesclaros, el 1 de noviembre de 1614 incorporó el Gran Chaco en toda su extensión al Corregimiento de Tarija, incluidos los territorios del Chaco que fueron tomados posteriormente por Argentina, Paraguay y los departamentos bolivianos de Chuquisaca y Santa Cruz, .
Una real cédula del 15 de septiembre de 1772, dispuso que el río Pilcomayo, que atraviesa el Chaco, hasta Asunción del Paraguay, se encontraba dentro del corregimiento de Tarija.
Desde 1776 el Corregimiento de Tarija formó parte del nuevo Virreinato del Río de la Plata.
El 1 de diciembre de 1780 el virrey Juan José de Vértiz y Salcedo creó el gobierno político de Tarija, separado del corregimiento:
En noviembre de 1782 todavía Arze era gobernador, pasando a crearse el Partido de Tarija y Chichas de la intendencia de Potosí desde la implementación de las intendencias ese año.
El Partido de Tarija fue creado en 1785 separándolo del Partido de Chichas dentro de la intendencia de Potosí, con capital en la villa de San Bernardo de Tarija.
Dos cédulas del rey Carlos IV de España del 17 de febrero de 1807 ordenaron segregar el partido de Tarija de la intendencia de Potosí y del arzobispado de Charcas e incorporarlos a la intendencia de Salta del Tucumán y al obispado de Salta:
Para el mayor bien y felicidad de mis vasallos de, Salta del Tucumán, he tenido á bien mandar, á consulta de mi Consejo de las Indias de diez y nueve de octubre del año de mil ochocientos cinco, se erija un nuevo Obispado, cuya capital sea la de aquella Provincia, asignando á la nueva diócesis, entre otros territorios, todo el partido de Tarija de esa Intendencia, cuyo partido he mandado se ponga bajo la jurisdicción del nuevo Obispo de Salta, y de su Intendencia, separándole de la de Potosí, como se previene respectivamente en cédula de esta fecha. Lo que os participo para que tengan entendido quedar sugeto dicho partido á la jurisdicción de la Intendencia de Salta, que hasta ahora ha pertenecido á la nuestra, haciendo por este medio más útiles los derechos de aquel Intendente, por su inmediacion al Chaco y sus Reducciones. En consecuencia le facilitareis y remitireis como muy particularmente os lo mando, los autos, documentos y papeles que existen en nuestro archivo respectivos al citado partido de Tarija así en lo gubernativo, como en lo contencioso, sin permitir se pongan embarazos, ó reparos que dificulten, ó dilaten la remisión de todos los que sean necesarios para su gobierno, contribuyendo vos por vuestra parte á que tenga el más cumplido efecto esta mi real resolución, por ser así mi voluntad.
El 24 de marzo de 1808 el intendente de Potosí, Francisco de Paula Sanz, ordenó la entrega a la intendencia de Salta de todos los documentos que tuvieran relación con el partido de Tarija.
El virrey ordenó al cabildo de Tarija el cumplimiento de la real cédula el 27 de abril de 1808:
Un cabildo abierto rechazó la decisión el 25 de julio de 1808, enviando un pedido al rey para que solicite al papa que revierta la dependencia de Tarija al Arzobispado de Charcas ya que si tenían que viajar hasta Salta les era más dificultoso que llegar a Chuquisaca. La correspondiente bula pontificia para la modificación de los límites de las diócesis, no pudo expedirse debido a que el papa Pío VII se hallaba prisionero de Napoleón Bonaparte.
A través de una nota remitida el 25 de junio de 1810 el cabildo de Tarija fue uno de los primeros en aceptar la Revolución de Mayo. Integraban ese cabildo: Mariano Antonio de Echazú (presidente y alcalde de primer voto), José Antonio Reguerín (alcalde de segundo voto), José Antonio de Larrea (regidor y comandante de armas), Juan Díaz Chávez (regidor ejecutor), Juan de Dios Evia y Baca (regidor decano), Ambrosio Catoyra (regidor), Miguel Jerónimo de Tejerina (regidor) y Vicente de Ichaso (síndico procurador general), en ese mismo año el caudillo Ramón Rojas y su sobrino Manuel Rojas se sumaron a las fuerzas del Ejército del Norte en la lucha contra los realistas (partidarios de la continuidad de gobierno colonial español).
Un cabildo abierto celebrado el 18 de agosto designó a José Julián Pérez de Echalar como representante de Tarija, quien se incorporó a la Junta Grande reunida en Buenos Aires.
El 23 de marzo de 1811 se eligió una junta subalterna, pero debido a un empate de votos, el Triunvirato eligió a Francisco José Gutiérrez del Dozal y a José Núñez y Pérez, quedando como presidente el comandante de armas Juan de Dios de Evia y Baca.
A solicitud de aclaración del primer obispo de Salta, a quien el rey le había dirigido una Real Cédula de nombramiento indicándole el pase jurisdiccional de los partidos de Tarija y de Chichas a Salta, otra Cédula Real del 2 de marzo de 1811 expedida por el Consejo de Regencia, aclaró:
Dado que la aclaración del rey fue en 1811, Chichas quedó fuera del principio de uti possidetis de 1810 y no formó parte de la intendencia de Salta del Tucumán antes de la Revolución de Mayo que estalló en Buenos Aires, capital de virreinato del Río de la Plata. Por esa razón, ese territorio no fue reclamado por la delegación argentina. Sin embargo, varios autores argentinos sostuvieron la tesis de que la provincia de Tarija comprendía Chichas, entre ellos: Leguizamón y Mariano Zorreguieta (Apuntes históricos de Salta en la época del coloniage de 1872).
El 24 de mayo de 1811 el cabildo de Tarija suscribió un petitorio popular dirigido a la junta de Buenos Aires solicitando su autonomía respecto de Salta:
Por decreto del 8 de octubre de 1814, el director supremo de las Provincias Unidas del Río de la Plata, Gervasio Antonio de Posadas, separó de la intendencia de Salta del Tucumán a la nueva Gobernación intendencia del Tucumán. El decreto establecía que la ciudad de Tarija pertenecía a la provincia de Salta:
Liberado el rey del dominio francés, anuló todo lo hecho desde 1808, el 28 de diciembre de 1814:
Durante el transcurso de la guerra de la Independencia Argentina el territorio de Tarija debió hacer frente a seis invasiones realistas. Las campañas militares llevadas a cabo tanto por los revolucionarios de las provincias "de abajo" cuanto por las expediciones lanzadas por los españoles desde el Perú no consiguieron los resultados esperados. La primera invasión realista estuvo al mando del teniente coronel Barreda que en septiembre de 1811 recibió la sumisión del cabildo de Tarija y luego ocupó Tupiza; la segunda (Tarija había caído en manos patriotas el 18 de enero de 1812), de Pezuela en 1814; la tercera la comandó Pedro Antonio Olañeta el 5 de abril de 1816; la cuarta al mando de José Álvarez de La Serna e Hinojosa en noviembre de 1816; la quinta, nuevamente estuvo al mando de Olañeta y de Valdez en 1818 y la sexta, en 1819, estuvo al mando de Canterac.
El general realista La Serna llegó a Tarija a finales de noviembre de 1816, nombrando como comandante y subcomandante de Tarija a Mateo Ramírez y a Andrés Santa Cruz respectivamente.
Bajo ocupación realista el cabildo de Tarija no pudo enviar diputados al Congreso de Tucumán que proclamó la independencia de las Provincias Unidas del Río de la Plata. Para la vecina región de Chichas, el director supremo Gervasio Posadas reconoció a los exiliados coronel mayor Juan José Feliciano Alejo Fernández Campero y al cura párroco del pueblo chicheño de Livi José Andrés Pacheco de Melo la elección realizada el 17 de octubre de 1815 en la villa de Tupiza. Solo Pacheco de Melo pudo integrarse al Congreso de Tucumán.
El 15 de abril de 1817 tras la batalla de La Tablada de Tolomosa, las tropas independentistas al mando del Gral. Gregorio Aráoz de La Madrid y las fuerzas gauchas locales que conformaban la republiqueta de Tarija, estaban comandadas por, el Cnel. Francisco Pérez de Uriondo (fue nombrado teniente gobernador de Tarija), el capitán José María Avilés y el capitán Eustaquio Mendez entre otros derrotaron al ejército realista (en las que revistaba Andrés de Santa Cruz hasta entonces), liberándose por tal combate al territorio de Tarija, pero el 11 de julio de 1817, el comandante español Mariano Ricafort retomó la ciudad.
Durante la Rebelión de Olañeta contra el virrey de la Serna, el primero salió de Potosí el 28 de junio de 1824 y se situó en Tarija para esperar el ataque del ejército del general Jerónimo Valdés, quien la ocupó el 26 de julio. Olañeta la recuperó el 5 de agosto y sus fuerzas se mantuvieron en ella hasta la muerte de Pedro Antonio Olañeta el 1 de abril de 1825 en la batalla del Tumusla. José María de Aguirre y Eustaquio Mendez liberaron Tarija tras una decisiva batalla el 8 de marzo de 1825.
Previamente el general revolucionario Manuel Belgrano, quien tenía entre sus subordinados a los capitanes de la republiqueta de Tarija, había donado una importante cantidad de dinero que había recibido como premio a sus victorias militares, para que se construyeran escuelas públicas en las ciudades de Tarija, Tucumán, Jujuy y Santiago del Estero.
El Congreso General Constituyente en Buenos Aires despejó el camino a la independencia altoperuana, por decreto del 9 de mayo de 1825:
A pedido de algunos vecinos de Tarija que solicitaron la remoción del teniente de gobernador, el mariscal Antonio José de Sucre envió al coronel Francisco Burdett O'Connor, quien se hallaba en Tupiza al frente de la Legión Peruana. En mayo de 1825 O'Connor se dirigió a Tarija acompañado de un ayudante y de un sirviente. O'Connor desplazó al teniente de gobernador Felipe Echazú (nombrado por el gobernador de Salta, Juan Antonio Álvarez de Arenales) nombrando al coronel Bernardo Trigo como gobernador de la villa. Realizó estas acciones siguiendo las órdenes recibidas de Sucre, ya que Potosí reclamaba jurisdicción sobre el territorio:
O'Connor permaneció tres días en Tarija, puso preso por un día a Uriondo, que tramaba arrestarlo y desarmó y licenció a 200 cazadores montados que habían pertenecido a las fuerzas de Olañeta. Luego regresó a Tupiza para participar de las celebraciones del 25 de mayo (en recuerdo de 1809).
Álvarez de Arenales reclamó con energía ante Sucre desde Chuquisaca el 20 de mayo por la ocupación de Tarija:
Como delegado del Gobierno Supremo de las Provincias Unidas y como Capitán general de Salta, me creo en el deber de decir á V. E. que en el enunciado territorio de Tarija con pleno conocimiento de lo que llevo indicado, y libre de toda coacción y fuerza, es que la masa general de aquella población, contrariando á algunos ignorantes ó mal intencionados innovadores, procedió al nombramiento de diputados que la representasen en la honorable junta de Salta. Es también seguramente en el mismo concepto, que cuando V. E. decretó la reunion de diputados del Alto Perú y designó los departamentos que debían nombrarlos, omitió á Tarija como perteneciente á una provincia que no entra en el número de las del Alto Perú, para aquel designio.
Sucre respondió desde Chuquisaca el 30 de mayo que:
El señor presidente de Potosí me ha dirigido reclamos sobre Tanja, como perteneciente á aquel departamento: desde muy atrás, yo tuve dudas sobre esa provincia, y dejé de convocarla en la Asamblea General, para tomar mejores informes; porque no hay derecho para hacerla corresponder á Potosí por una resolución mia, si ella era de Salta en 1810: la pertenencia de Tarija en esa época de la revolución, debe servir de guía en el caso. Ahora el jefe que la mandaba se titulaba capitán general, y este motivo se añadía á mis dudas sobre la verdadera situación.
El 3 de junio Álvarez de Arenales se dirigió por carta al Cabildo de Tarija comunicándoles que Sucre había ordenado a O'Connor que prescinda de todo conocimiento en la provincia de Tarija. Comunicándoles que el teniente de gobernador Vicente Echazú debía pasar a retomar el mando.
El 4 de junio Álvarez de Arenales contestó a Sucre:
Un cabildo abierto controlado por las tropas de O'Connor, Trigo y los montoneros de Eustaquio Méndez Arenas (Moto), el 6 de junio de 1825, eligió a tres diputados (José Mariano Ruiloba, Baltasar de Arce y Joaquín de Tejerina), para que participaran de la asamblea convocada por Sucre para que las 4 provincias del Alto Perú decidieran su futuro, aunque este (Sucre) no había convocado a Tarija en su decreto del 9 de febrero de 1825 y no se les permitió incorporarse a esa asamblea. El decreto al referirse a Potosí convocaba "tres diputados por Potosí, Chayanta, Porco, Chichas y uno por Atacama y Lípez".
El 16 de julio el cabildo bajo control de los partidarios de Bolivia firmó un acta que fue recibida el 13 de agosto por los diputados de la Asamblea en Chuquisaca, ciudad en donde se hallaba el gobernador de Salta, Álvarez de Arenales, manifestándose en el acta su "adhesión al Alto Perú".
El 6 de agosto de 1825 nació la República de Bolivia sin incluir a Tarija.
La Legislatura de Salta declaró el 13 de agosto:
Art. 2°: Si el espresado Cabildo pretendiese sostener este acto con el pronunciamiento de una asamblea popular, el Poder Ejecutivo de la Provincia, en virtud de sus atribuciones y por las medidas mas eficaces al efecto, garantirá la libre y legal instalación de una Junta General de Representantes de aquel departamento que delibere sobre este negocio.
El 26 de agosto el Cabildo de Tarija, controlado por Trigo, volvió a comunicar a la Asamblea Boliviana su voluntad de mantenerse como una parte del Alto Perú, previamente había llegado a la ciudad procedente de Chuquisaca el sargento Gabino Ibáñez con cartas dirigidas a Eustaquio Méndez y Bernardo Trigo instándolos a promover un levantamiento.
El 27 de agosto de 1825 Tarija nombró representantes ante la Junta Provincial de Salta, que a su vez serían electores para los dos representantes ante el Congreso Constituyente, comunicándoselo el 29 de agosto al gobernador de Salta.
Álvarez de Arenales viajó desde Chuquisaca a Tarija, destituyó a Trigo y repuso como teniente de gobernador a Felipe Echazú. El 9 de septiembre ordenó el establecimiento de milicias en Tarija:
Dada la crudeza del invierno, O'Connor solicitó permiso para trasladar sus tropas de Tupiza a Tarija, lo cual fue consentido por Simón Bolívar, ordenándole que diera antes parte de ello a Álvarez de Arenales. Al acercarse O'Connor con la Legión Peruana, Álvarez de Arenales se retiró a Salta el 28 de septiembre, siendo repuesto Trigo en el gobierno de la villa al llegar O'Connor el 30 de septiembre.
Las Provincias Unidas del Río de la Plata enviaron una delegación conjunta encabezada por los ministros plenipotenciarios general Carlos María de Alvear y doctor José Miguel Díaz Vélez, actuando como secretario Domingo de Oro.
La misión Alvear-Díaz Vélez viajó a Potosí con el fin de felicitar a Simón Bolívar por su triunfo contra los realistas en la Batalla de Junín, gestionar una alianza contra la inminente guerra contra el Imperio del Brasil a causa de la ocupación de la Banda Oriental y darle a conocer la ley de 9 de mayo de 1825. Al pasar por Salta, el 20 de septiembre, tomaron conocimiento de lo ocurrido en Tarija y del reclamo jurisdiccional del presidente de Potosí, Lorenzo de Usin, sobre esa villa.
El 7 de octubre los delegados argentinos fueron recibidos en Potosí y el 25 de octubre presentaron formalmente sus reclamos por Tarija ante Bolívar:
La delegación entrevistó a Bolívar el 27 de octubre, este expuso las objeciones militares y políticas que Sucre le había relatado para conservar Tarija y Alvear expuso las dificultades en que caerían los nuevos estados si no se respetaban los límites previos a 1810. Bolívar terminó la conferencia diciéndole a Sucre: Señor Mariscal, es preciso que el Perú se desprenda de sus pretensiones sobre Tarija
El 4 de noviembre O'Connor recibió una comunicación de Sucre ordenándole que desocupara Tarija, enviara la Legión Peruana a Potosí y partiera para el desierto de Atacama en donde fundó el puerto de La Mar.
El secretario de Bolívar, Felipe Santiago Estenós, respondió el 6 de noviembre proponiendo la devolución de Tarija, siempre que el gobierno argentino renunciara al Partido de Atacama, que había estado en poder de Salta desde 1816 y el 5 de abril de 1825 fue ocupado por el presidente interino de la Intendencia de Potosí, Guillermo Miller.
El 10 de noviembre los delegados argentinos se excusaron respecto de Atacama, por no tener órdenes de su gobierno, pero convinieron en que el territorio era parte de Potosí y no creían necesaria una renuncia al mismo, por lo que el 17 de noviembre de 1825 Bolívar ordenó a Sucre la devolución del territorio de Tarija a las Provincias Unidas del Río de la Plata. Sucre transfirió la orden a O’Connor y le ordenó despachar la Legión Peruana a Potosí y dirigirse a la costa de Atacama para habilitar un puerto de su elección.
El 17 de noviembre Estenós se dirigió por carta a Tarija comunicando la decisión de Bolívar.
La villa de Tarija fue entregada al delegado argentino teniente Ciriaco Díaz Vélez el 4 de febrero de 1826. Ese día el Cabildo de la villa pidió al Congreso Argentino su constitución como provincia separada de Salta. Como Ciriaco Díaz Vélez demorara la entrega a Salta del territorio de Tarija, Álvarez de Arenales viajó a esa villa y el 10 de mayo de 1826 asumió como teniente de gobernador Mariano de Gordaliza (quien había sido nombrado para el cargo por Álvarez de Arenales el 15 de octubre de 1825), declarando la reincorporación a la Intendencia de Salta. Gordaliza tomó medidas en contra de quienes deseaban incorporarse a la República de Bolivia. Ese año la Legislatura de Salta incorporó a los diputados tarijeños Diego Antonio Arce, Justiniano Muñoz, Vicente Echazú, M. Bárcena, M. Echazú, J. P. Heredia y Baca, J. de D. Aparicio y N. Flores.
Descontento Méndez con el gobierno argentino, pidió la baja del ejército y se retiró al campo, pero al enterarse Gordaliza que O'Connor con la Legión Peruana se hallaba en Chichas, ordenó el 25 de agosto de 1826 el arresto de Méndez por temor a que este aprovechara para tomar la ciudad y se dispuso a remitirlo a Salta al día siguiente. Enterados los montoneros de Méndez de la prisión de su jefe, ocuparon la ciudad y un cabildo abierto celebrado el 26 de agosto declaró la incorporación a Bolivia y nombró nuevamente a Bernardo Trigo para gobernar a Tarija con el cargo de prefecto.
Mariano Valverde fue elegido jefe de las milicias y se eligieron diputados al Congreso de Bolivia (Gabino Ibáñez, José Fernando de Aguirre y José María de Aguirre) que los aceptó en Chuquisaca el 23 de septiembre de 1826. El Cabildo de Tarija retiró los poderes de los diputados ante la Junta Provisional y el Congreso Argentino, enarboró banderas bolivianas y pidió la protección de tropas de O'Connor, quien llegó a Tarija y nombró a Trigo gobernador de la Provincia de Tarija. El 7 de septiembre otro cabildo abierto ratificó su determinación de incorporarse a Bolivia. De facto Tarija quedó separada de Salta también en los aspectos eclesiásticos.
Enterada de la situación, la Legislatura de Salta sancionó una ley el 27 de septiembre:
El 10 de noviembre el gobierno nacional por medio del ministro Julián Segundo de Agüero instruyó a Álvarez de Arenales que:
El 3 de octubre de 1826, Antonio José de Sucre, promulgó la ley boliviana que autorizó la incorporación de los diputados de Tarija al Congreso Constituyente de Bolivia:
Considerando 2°: Que las repetidas solicitudes de los habitantes de Tarija, manifestaban en las actas de 6 de junio del año pasado, y 26 de agosto y 7 de septiembre del corriente, son y han sido de pertenecer a Bolivia, declarando que la desmembracion fue hecha contra sus votos y deseo, porque ellos como todos los alto-peruanos, estaban autorizados para decidir de sus destinos.
Artículo 1°: La representación nacional desconoce y niega su ratificación á las negociaciones por que haya sido desmembrada la Provincia de Tanja del territorio del Alto Perú, hoy República Boliviana.
Artículo 2°: En virtud de las reiteradas solicitudes de Tarija, y de su libre y espontánea resolución de reincorporarse á Bolivia, se admitirán en el Congreso Constituyente sus diputados que se hallan en esta Capital, luego que examinadas sus credenciales, estén conformes al Reglamento de elecciones de 26 de noviembre del año próximo pasado.
Otro cabildo abierto tuvo lugar el 17 de octubre de 1826, en el que se declaró:
El gobierno boliviano comunicó oficialmente al de Salta que:
La Guerra del Brasil que libraban las Provincias Unidas contra el Imperio del Brasil facilitó la continuidad de la anexión de Tarija a Bolivia.
El 10 de noviembre de 1826 el gobierno argentino comunicó al de Bolivia que aplazaría el reconocimiento oficial del nuevo estado hasta que se resolvieran las disputas entre ambos.
José Felipe de Echazú y Domingo Arce viajaron en 1826 como representantes tarijeños ante el Congreso Constituyente Argentino que se celebraba en la ciudad de Buenos Aires y que aprobaría la Constitución Argentina de 1826, unitaria. Como reacción a la anexión boliviana, respondiendo a la solicitud hecha previamente por el Cabildo de Tarija, el Congreso sancionó la ley del 30 de noviembre de 1826 (promulgada el 1 de diciembre) declarando a Tarija y su territorio adyacente como una provincia argentina separada de Salta con un área que no fue especificada, pero que varios autores argentinos sostuvieron que era mucho más extensa que el actual departamento (incluyendo Chichas y Lípez). Tal Provincia de Tarija contaba, según ellos, con un área de 183.126 km².
Art. 1°. Queda elevada al rango de Provincia la ciudad de Tarija, y su territorio adyacente.
Art. 2°: Se le declaran todos los derechos y prerogativas que la constitución y las leyes establecen a favor de las Provincias.
Lo que de orden del mismo Congreso, se comunica á V. E para su inteligencia y efectos consiguientes.
Sala del Congreso en Buenos Aires, á 30 de noviembre de 1826.
José María Roxas. Presidente.
Alejo Villegas. Secretario.
De acuerdo a autores argentinos, el límite de la nueva provincia con Bolivia debía ser desde los 26° S, la cumbre de la cordillera de los Andes, luego por rumbo noroeste a la altura aproximada de los 68° O hasta las fuentes del río Cotagaita, siguiendo por este hasta su unión con el río Grande de la Quiaca, que forma el río Pilaya. Por este río hasta su confluencia con el río Pilcomayo, desde ese punto sigue la línea con rumbo norte hasta alcanzar el río Grande de Santa Cruz de la Sierra, por el que sigue hasta los 20° S y luego en línea recta hacia el este hasta encontrar el río Paraguay.
En 1827 el gobernador de Buenos Aires, Manuel Dorrego, envió a Francisco Ignacio Bustos como su representante en Bolivia para intentar canjear Tarija por la Puna de Atacama, pero el gobierno boliviano no accedió.
El 24 de septiembre de 1831 el presidente de Bolivia, Andrés de Santa Cruz, promulgó la ley de erección de la Provincia de Tarija en departamento, ya que hasta entonces era parte del Departamento de Potosí, nombrando como su primer prefecto a Bernardo Trigo, aunque recién en 1839 tales medidas se hicieron efectivas. Colaboraron con Santa Cruz varios argentinos unitarios acérrimos enemigos del partido federal que gobernaba a la Confederación Argentina, concretamente entre 1830 y 1852. Tarija, como Montevideo, se había transformado en una base de operaciones de los unitarios.
Juan Manuel de Rosas, realizó gestiones en febrero de 1833 para reclamar la devolución del Departamento de Tarija. El 19 de mayo de 1837, ante las incursiones de tropas de la Confederación Perú-Boliviana en las provincias de Salta y Jujuy, Rosas declaró la guerra a esa confederación.
El general argentino Alejandro Heredia pasó a ser el comandante del Ejército del Norte, siendo sus principales subalternos los generales Gregorio Paz y Manuel Virtu quienes con escasas y bisoñas tropas de reclutas lograron recuperar Jujuy y el norte de Salta. Este ejército estaba mal pertrechado y solo contaba con tropas de las provincias de Tucumán, Santiago del Estero, Salta, Jujuy, Catamarca e incluso tarijeños. Cuatro motivos explican tal limitación de las fuerzas por la parte argentina: en primer lugar se mantenía la guerra civil entre unitarios y federales, en segundo lugar las fuerzas bonaerenses, santafesinas, entrerrianas y correntinas se veían obligadas a enfrentar a las fuerzas coloradas de Fructuoso Rivera apoyadas por Brasil, en tercer lugar existía un bloqueo naval francés que ponía en directo peligro a las provincias de Buenos Aires, Santa Fe y Entre Ríos y en cuarto lugar Rosas sospechó de un fortalecimiento del caudillo tucumano Alejandro Heredia, lo cual fue motivo para desinteligencias en el Estado Mayor.
El 13 de septiembre de 1837, tropas peruanobolivianas al mando del alemán Otto Philipp Braun combatieron con el argentino Felipe Heredia en Santa Bárbara cerca de Humahuaca. Luego, el 11 de junio de 1838, otra división argentina al mando de Felipe Heredia, fue nuevamente derrotada por las tropas al mando de Timoteo Raña en la combate de Iruya. Una fracción al mando del general Gregorio Paz fue derrotada el 24 de junio de 1838 en el combate de Coyambuyo en las serranías de Montenegro, cerca de Padcaya por las tropas al mando de Otto Philip Braun, poniendo fin de hecho a la guerra entre los argentinos y los peruanobolivianos.
El 20 de enero de 1839 las fuerzas chilenas lograron la victoria en la Batalla de Yungay, luego de la cual la Confederación Perú-Boliviana se disolvió. La Argentina quedaba también victoriosa. Tanto los argentinos como los bolivianos se adjudicaron la victoria. El 26 de abril de 1839 el gobierno argentino terminó oficialmente la guerra.
El esfuerzo bélico argentino se centraba en evitar un ataque francés y brasileño, de hecho el ataque promovido desde el exterior sobre la Confederación Argentina se tradujo en 1840 en una incursión desde Montevideo de tropas unitarias al mando del general Juan Galo Lavalle, tal incursión promovió la existencia de una efímera Coalición del Norte en la Argentina, Coalición apoyada por Bolivia y aplastada por el oriental Manuel Oribe, quien persiguiendo a los restos del ejército unitario llegó hasta La Quiaca, desde allí se propuso ingresar en Lípez y Tarija contando con cierto apoyo de la población (noviembre de 1841) sin embargo Rosas presionado por Francia e Inglaterra se negó a proseguir expresando que la reincorporación debía ser fruto de negociaciones y no de la guerra, pese a que el general Velasco, nuevo presidente de Bolivia, estaba dispuesto a negociar la situación de Tarija. En las consultas abiertas, organizadas por el pueblo de Tarija, se sostuvo la decisión de formar parte de la república de Bolivar.
El 15 de abril de 1858 el Gobierno argentino dio el pase al breve pontificio que pasaba el territorio de Tarija del Obispado de Salta al Arzobispado de Charcas, reservando sin embargo los derechos argentinos:
El 7 de diciembre de 1858 se firmó en Oruro el primer tratado de amistad argentino-boliviano, (el Tratado de Paz, Amistad, Comercio y Navegación) siendo el mismo suscripto por Ramón Alvarado — representante argentino— y Manuel Buitrago —boliviano—, por el cual:
Sin embargo, tal tratado no fue ratificado por Bolivia, ya que el Congreso Nacional Argentino reunido en la ciudad Paraná, a la sazón capital de la Confederación Argentina, al aprobarlo mediante la Ley 210 del 13 de julio de 1859, hizo reserva del artículo 33.
El Congreso Argentino en esa fecha dejó claramente establecido que la Argentina mantenía su derecho soberano sobre la Provincia de Tarija.
El 2 de mayo de 1865 y el 9 de julio de 1868 fueron firmados nuevos tratados de paz, amistad, comercio y navegación, no lográndose ratificar a ninguno. El de 1865 fue firmado por Agustín Matienzo (Bolivia) y Rufino de Elizalde (Argentina).
En 1883 el coronel Rudecindo Ibazeta comandó una expedición argentina que ingresó al chaco tarijeño en busca de los restos del explorador francés Jules Crevaux llegando hasta la localidad de Caiza (próxima a Villa Montes).
Por el tratado Quirno Costa-Vaca Guzmán del 10 de mayo de 1889, ligeramente modificado en 1891 y puesto en vigencia el 10 de marzo de 1893, la línea limítrofe fue delineada de tal manera que la Argentina hacía una renuncia implícita a su reclamo sobre Tarija. Bolivia, en compensación, cedió un territorio que había perdido militarmente: la Puna de Atacama, territorio que se encontraba en poder de Argentina.
Debido a que durante la demarcación de la frontera se halló que el pueblo boliviano de Yacuiba se hallaba al sur del paralelo 22° S y no al norte como lo situaban los mapas, se firmó el convenio del 28 de enero de 1904 modificando el trazo de la línea de frontera al llegar al pueblo de Yacuiba a fin de que este pueblo y su zona adyacente se mantuviesen en el territorio boliviano. Los límites fueron ajustados por el tratado definitivo de límites del 9 de julio de 1925.
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