El segundo gobierno constitucional del mariscal Ramón Castilla empezó el 24 de octubre de 1858 y terminó el 24 de octubre de 1862. Continuó las reformas políticas y sociales empezadas en su primer gobierno, así como el desarrollo material del país, con el respaldo de las grandes rentas producidas por el boom guanero. Dio la Constitución moderada de 1860, que fue la que más tiempo ha durado; creó la presidencia del Consejo de Ministros; impulsó el desarrollo de la Amazonía; se preocupó por la defensa nacional al modernizar el ejército y aumentar el número de la unidades navales, que convirtieron al Perú en la primera potencia naval del Pacífico Sur. Introdujo adelantos técnicos como la telegrafía, el alumbrado a gas y los ferrocarriles. Una construcción emblemática fue la Penitenciaría de Lima. En el aspecto internacional desarrolló una política de solidaridad americana, apoyando a México en su lucha contra el invasor francés, a Santo Domingo contra la ocupación española y a Nicaragua y Costa Rica contra la agresión del filibustero William Walker. Tuvo sin embargo que emprender una campaña militar contra Ecuador y sufrió una tenaz oposición política de parte de los liberales, que derivaron en dos atentados contra su vida.
Producto del enojo de la población debido a la demora de la guerra con Bolivia y el descontento respecto a la corrupción en el proceso de consolidación de la deuda interna, el 20 de diciembre de 1853 se inicia un movimiento popular en el departamento de Lima en contra del gobierno de José Rufino Echenique al mando del líder civil Domingo Elías. El alzamiento fue derrotado rápidamente por las fuerzas gubernamentales en la batalla de Saraja el 7 de enero de 1854. Sin embargo, este movimiento ocasionó que se produjeran otros levantamientos al interior del país, como en las ciudades de Chiclayo y Cajamarca, pero principalmente en Arequipa; núcleo de la revolución que lideraría el Mariscal Ramón Castilla inmediatamente después de la derrota en Ica y que llevaría a la destitución de Echenique. Este contó con el apoyo de los jóvenes líderes Pedro Gálvez Egúsquiza y Manuel Toribio Ureta; a quienes se sumaron también Domingo Elías, el general Miguel de San Román y el general Fermín del Castillo. Esta insurrección fue un gran movimiento popular que derivó en una guerra civil muy prolongada y costosa para el país.
El Ministro de Guerra, general Juan Crisóstomo Torrico, fue enviado junto al general Juan Antonio Pezet a Arequipa con órdenes oficiales de controlar la situación. Frente a esto, Castilla decidió retirarse temporalmente; a fines del mes de marzo, se dirigió a Cuzco para sentar una base de operaciones; y allí, el 14 de abril, recibió la noticia de que había sido declarado presidente provisorio por la junta revolucionaria de Arequipa. Aceptando sin demora, Castilla continuó con su estrategia revolucionaria dirigiéndose a Ayacucho a finales de junio.
Estando en Ayacucho, Castilla dio el primer paso trascendental: decretó la abolición del tributo indígena (5 de julio de 1854). Eliminar el tributo indígena implicaba privar al Estado peruano de un ingreso fiscal que, en el momento, debido al apogeo del guano, parecía ínfimo y prescindible. Más adelante se vio que este era un ingreso fiscal necesario y fue restablecido bajo otra forma de impuesto.
La primera victoria militar de los revolucionarios o “libertadores” se dio en Izcuchaca, cuando el 2 de agosto derrotaron a Echenique. Luego, en una suerte de maniobra estratégica, Castilla logró sortear las fuerzas oficiales y llegar a Huancayo, ciudad en la que se preparó para el gran salto sobre Lima.
Estando en Huancayo, el 3 de diciembre de 1854, Castilla dio el segundo paso trascendental al expedir el decreto que abolía la esclavitud de los negros. Esta declaración fue la que tuvo mayor impacto en la sociedad, y principalmente en los hacendados del país, quienes crearon una junta para plantear las garantías de indemnización que estos exigían. La junta estaba presidida por Antonio Salinas y Castañeda, hacendado del valle de Huaura. Ese mismo año, los mismos hacendados impusieron al gobierno un reglamento de policía rural muy estricto para prevenir los esperados desbordes consiguientes a la abolición.
El ejército libertador rompió la marcha de Huancayo el 5 de diciembre de 1854, dirigiéndose a Lima para la batalla final con las fuerzas oficiales de Echenique. El día 27 del mismo mes llegaron a Manchay y pronto se trasladan a Miraflores, cerca de la Huaca Juliana, lugar en el Echenique ya se había atrincherado con 9 batallones, 3 regimientos de caballería y 20 piezas de artillería. Por su parte, el ejército libertador estaba agrupado en 4 divisiones, contando con 15 batallones, 4 escuadrones y 18 piezas de artillería.
Entre el 29 de diciembre y el día 4 de 1855, hubo tiroteos y fintas de ambas partes, pero no se dio inicio la batalla. En la mañana del día 5 de enero, el ejército constitucional se decidió lanzar el ataque. Viendo que no respondía el enemigo, creyó que este se retiraba. El general Juan Antonio Pezet, al mando de la vanguardia, se lanzó sobre Miraflores para salir de dudas y en vista que no había nadie, puso rumbo a Chorrillos en busca de los libertadores. En el camino tropezó con una división de Castilla que iba a unírsele a La Palma y tomó algunos prisioneros. Corrigió entonces su marcha en dirección a dicha hacienda. Fue atacado por el general San Román y obligado a dividir sus fuerzas. Al llegar al estanque de la hacienda, fue detenido por la artillería que estaba allí emplazada. En ese momento el general Pedro Cisneros lanzó un ataque contra el centro de la línea de Castilla, uno de cuyos batallones se desorganizó y huyó, pero Castilla, previsor, ordenó cubrir el hueco con la Primera División de la Reserva, formada por el batallón 7 de Enero y el batallón Cusco, mandados por el coronel Domingo Gamio y el coronel Bustamante respectivamente.
Mientras tanto, la derecha de Castilla era atacada por el general Deustua, quien después de una intensa lucha, cayó gravemente herido y el ataque se debilitó. Aprovechó de la circunstancia el coronel Segura de los libertadores, y cargó con su división. Los constitucionales hicieron entrar a la Reserva al mando de los generales Guarda, Mendiburu y Lopera y atacaron al general San Román por la derecha, iniciando un movimiento envolvente. Durante dos horas lucharon con ardor; consumidas las municiones, los libertadores se lanzaron al asalto a la bayoneta y sus adversarios comenzaron a ceder.
La caballería de Echenique trató de impedir la derrota y atacó a la izquierda, pero la caballería de Castilla, al mando del coronel Alvízuri, se puso en acción y atacó al enemigo por el flanco. Comenzó entonces la retirada de las fuerzas echeniquistas, que fueron perseguidos por los de Castilla, hasta quedar deshechas.
Al día siguiente se desató la violencia y pánico en Lima. Una turba asaltó las casas de los beneficiarios del escándalo de la consolidación. También fueron saqueados Palacio de Gobierno y la casa particular de Echenique. Los vencedores entraron en medio de ruidosas aclamaciones. Echenique se refugió en casa del encargado de negocios del gobierno británico y salió al destierro, con dirección a los Estados Unidos. Se instaló en Lima un gobierno provisional denominado “gobierno de la moralidad”, con Castilla como Presidente y los liberales Pedro Gálvez Egúsquiza, Manuel Toribio Ureta y Domingo Elías como ministros, más el general San Román que ocupó el ministerio de Guerra.
Tras la batalla de La Palma, se instaló en Lima un gobierno provisional con Castilla como Presidente y los liberales Pedro Gálvez Egúsquiza como ministro de Justicia, Culto, Beneficencia y Hacienda, y a Manuel Toribio Ureta como ministro de Gobierno, Relaciones Exteriores e Instrucción; luego se unieron Domingo Elías como ministro de hacienda y el general Miguel de San Román quien ocupó el ministerio de Guerra. Una importante medida fue el decreto del 25 de marzo de 1855, firmado por Castilla y Pedro Gálvez, que anunciaba la absoluta libertad en comunicación del pensamiento por medio de la imprenta; se sumaba así a los importantes decretos liberales de la abolición de la esclavitud y la contribución de indígenas.
Inmediatamente el gobierno convocó a elecciones para la Convención Nacional, mas no para las elecciones presidenciales. La Convención debía instalarse el 15 de junio de ese año. Así, por primera vez se convocó a elecciones con sufragio directo y universal. Realizadas las elecciones, la Convención Nacional se instaló el 14 de julio de 1855 y ratificó a Castilla como Presidente Provisorio. Instalado su gobierno, Castilla, de temperamento autoritario, instaló un régimen de sanción en contra de los vencidos. Asimismo, una vez en el poder, se inició su alejamiento de sus aliados liberales.
Después de grandes debates, en octubre de 1856 se terminó de discutir la nueva Constitución, que debía reemplazar a la Constitución Conservadora de 1839. La Constitución de 1856, de tendencia liberal, limitó las atribuciones del poder ejecutivo, estableciendo la vacancia de la Presidencia de la República por atentar contra la forma de gobierno o disolver el Congreso. Estableció que el período presidencial duraría cuatro años y no seis años como en la anterior Constitución; creó el Consejo de ministros; suprimió los fueros personales y el fuero militar, abolió la pena de muerte; estableció el sufragio popular directo para todos los peruanos que supieran leer y escribir; restableció las Juntas Departamentales y las Municipalidades. Los liberales no lograron imponer la libertad de cultos, y el Estado continuó protegiendo la religión católica, no permitiendo el ejercicio de otros cultos, pero se suprimió las vinculaciones y fueros eclesiásticos, así como los diezmos y primicias.
La nueva carta magna no estableció el parlamentarismo; sin embargo, rescató algunos elementos de este para insertarlos en la nueva constitucionalidad del Perú. Así, vemos que se agregan mecanismos legales que funcionan como frenos y contrapesos con respecto a la acción del ejecutivo, siendo una de las principales medidas el establecimiento del voto de censura.
El Presidente Castilla juró esta Constitución que fue promulgada el 19 de octubre de 1856, pero expresó su disconformidad con ella, sobre todo por la disminución de las atribuciones del presidente, aumentando así la situación de tirantez entre el Gobierno y el Congreso. La Convención fue disuelta el 2 de noviembre de 1857 por una patrulla de soldados a órdenes del coronel Pablo Arguedas, mientras Castilla se hallaba ocupado en el asedio de Arequipa, en el marco de la guerra civil estallada el año anterior. Si bien Castilla condenó este acto, era evidente que tal situación le convenía, tan así que una vez que retornó a Lima no restituyó dicho parlamento.
El descontento del grupo conservador en el gobierno respecto de las medidas de abolición del tributo indígena y esclavitud proclamadas por Castilla se hizo más imperante con el juramento de la Constitución Liberal de 1856. De esta forma, cuando Manuel Ignacio de Vivanco se pronuncia en Arequipa, de manera simultánea a otros movimientos de protesta en el país, es rápido en ganar adeptos, recursos y apoyo para su causa.
La rebelión estalló en Arequipa el 31 de octubre de 1856, donde en un acto público se quemó la Constitución recientemente proclamada. De allí se extendió a Moquegua, Ayacucho y Piura, y luego la escuadra se plegó al movimiento; entre los de los marinos rebeldes se contaban Miguel Grau y Lizardo Montero. Aprovechando su dominio del mar, los revolucionarios realizaron una expedición hacia el norte, llegando al Callao el 2 de enero de 1857. No obstante, al no encontrar opinión favorable, prosiguen más al norte, ocupando Trujillo. Como respuesta, Castilla envía al coronel López Lavalle y al coronel Mariano Ignacio Prado, quiénes obligan a Vivanco a evacuar la ciudad. De allí que se inicia una especie de persecución por parte de las fuerzas oficiales que empujan al revolucionario cada vez más al norte; cuando llega a Paita, reembarca sus tropas y retorna al Callao. Al arribar atacan a la población, el 22 de abril de 1857, ataque que fue rechazado por el pueblo chalaco; en premio a este acto, el Callao recibió la denominación de Provincia Constitucional, por haber defendido el gobierno constitucional que representaba Castilla.
La rebelión quedó circunscrita a Arequipa, con escasas posibilidades de triunfo. Sin embargo, el pueblo arequipeño decidió mantenerse en rebeldía. Para poner sitio a la ciudad, desde Puno partieron las fuerzas gubernamentales a órdenes del general Miguel de San Román. El pueblo arequipeño, espontáneamente, formó batallones, construyó defensas y se aprestó a la lucha. En las cercanías de la ciudad se produjeron sangrientos encuentros. Uno de ellos, producido en Yumina, el 28 de junio de 1857, fue considerado como un triunfo por los vivanquistas, aunque estos no lograron romper el cerco que los gubernamentales les tendieron. Castilla decidió tomar personalmente el mando del ejército y llegó por vía marítima al teatro de operaciones; tras unirse a las fuerzas de San Román, puso sitio a Arequipa.
Por fin, después de nueve meses de sitio, Castilla decidió el ataque a la ciudad. Se inició en la noche del 5 de marzo de 1858 y duró hasta el mediodía siguiente, siendo extremadamente sangriento. En la acequia de Santa Rosa la sangre corrió como agua. Los defensores se aferraron tenazmente a sus defensas y hubo batallones enteros, como el llamado "Columnas Inmortales", formado por los artesanos, que cayeron muertos íntegramente sin retroceder. A las 11 y 35 de la mañana del 6 de marzo el ejército de Castilla se reunió en la Plaza de Armas de Arequipa, culminando así la lucha. La rebelión estaba vencida. Vivanco huyó a Chile.
El congreso extraordinario se instaló el 12 de octubre de 1858. Ante este congreso presentaron un mensaje de exhortación a la reforma constitucional los ministros Miguel de San Román, Manuel Ortiz de Zevallos, Manuel Morales y Luciano María Cano. Después de la victoria electoral de Castilla sobre el general Medina y Domingo Elías, el congreso lo proclamó como presidente constitucional y a Juan Manuel del Mar como vicepresidente el 23 de octubre de ese año. Y el nuevo gobierno continuó con el Consejo de Ministros del mandato anterior. En el caso de Ortiz de Zevallos, este continúa como ministro de Hacienda interino hasta que se nombra a Juan José Salcedo en el mes de diciembre.
Rápidamente se exigía la reforma de la carta magna, especialmente de parte de los conservadores; incluso, proponen la necesidad de realizar un plebiscito que acelere el proceso legal de la reforma constitucional permitiendo la reforma en una sola legislatura y en Congreso Constituyente. El congreso procedió a sortear quiénes debían formar parte de la Cámara de Senadores, como lo estipulada la constitución vigente. Presidió la Cámara de Diputados Pedro José Bustamante y Alvizuri, y el Senado el general José Miguel Medina. Entre quienes destacaron en el senado se puede mencionar a Fernando Casós, Benjamín Cisneros, Antonio Arenas, Bartolomé Herrera y Evaristo Gómez Sánchez. Los debates se llevaron a cabo en las dos cámaras de manera independiente; situación que dificultó, alargó e incluso interrumpió temporalmente el proceso. Uno de los temas de mayor debate fue el referente a la pena de muerte.
El Congreso Extraordinario suspendió sus sesiones el 25 de mayo de 1859, anunciando su reinstalación como Congreso Ordinario para julio del mismo año. Pero el gobierno frustró tal iniciativa, decretando elecciones para nuevos representantes, que se reunirían en el año siguiente. Castilla argumentó al respecto que solo al Ejecutivo competía convocar al Congreso.
El Congreso se instaló el 28 de julio de 1860. La comisión para la elaboración del proyecto de reforma constitucional estuvo integrada por Antonio Arenas, José Nicolás Rebaza, José María Pérez, Ángel Ugarte, José María Jaúregui, Julián Sandoval y Pedro José Calderón. La nueva Constitución se promulgó el 13 de noviembre de 1860. Esta no fue ni liberal ni conservadora, sino moderada; razón por la cual no fue agrado de ninguno de los grupos extremos.
Algunos de los resultados más importantes fueron los siguientes: se estableció la pena de muerte; se volvió al sistema de votación indirecta; se estableció el funcionamiento de dos cámaras en el Congreso con un carácter de bifurcación fuerte; se modificó los mínimos de edad para ser diputado, 25 años, y para ser senador, 30 años; se respetó las Municipalidades; se prohibió la reelección presidencial y sancionó la primacía de la religión católica, uno de los quiebres seculares más significativos en la historia del Perú. Asimismo, se produce un cierto retroceso en los mecanismos democráticos de control del ejecutivo; de esta manera, a diferencia de la constitución de 1856 que permitía el veto y las denuncias, esta constitución estipulaba que el presidente no podría ser acusado durante su período, a menos que se tratase de un delito de traición. Por otra parte, se aprobó la ley de ministros el 2 de mayo de 1861, expedida para contener el poder presidencial; sin embargo, no se llegó a promulgar hasta 1862. Esto se dio debido a la gran insistencia del Congreso y fue eliminada en el año 1870. En cuanto a la renovación de las cámaras, se decidió que se diera por tercios y por bienios. Esta Constitución, más sensata y realista que las anteriores, ha sido la que más tiempo ha regido en el Perú, pues duró hasta el año 1920.
Un grupo de liberales que quedaron en Lima, tramaron varias conjuras contra Castilla. El 25 de julio de 1860 un embozado a caballo intentó asesinar a Castilla en la Plaza Mayor de Lima, logrando solo herirle con un disparo en el brazo. Y el 28 de noviembre del mismo año, varios civiles armados y una parte del batallón Lima (que fue sacado de su cuartel con engaños) atacaron el domicilio del presidente situado en la esquina de las calles Divorciadas e Higueras; pero la tropa reaccionó y fue repelido el ataque.
Hacia 1858, los gastos del Estado habían aumentado considerablemente a causa de la revolución de Vivanco y sus efectos, además de diversos conflictos de carácter internacional. Más aún, las deudas de la manumisión y de los empréstitos y suministros al ejército durante el combate de 1854 también generaban un peso sobre el gobierno. Había inflación presupuestal y un excedente de empleados. Sin embargo, estos gastos incrementados pudieron ser cumplidos gracias a la renta que en ese entonces producía el guano. En 1855, el precio del guano en mercados europeos llegó a ser 13 libras esterlinas por tonelada.
En 1857 se batieron todas las marcas en la venta del guano: este llegó a representar el 83 % de todos los ingresos estatales. El guano se convirtió prácticamente en el único sostén del Estado. Empezaron entonces los problemas con los consignatarios, que obtenían grandes ganancias. Estos adelantaban empréstitos al Estado a cuenta del guano que explotarían en el futuro, con altos intereses. Además, se les acusaba del cobro indebido de comisiones de fletamento, simulación de ventas, inexactitud en los precios consignados, entre otras cosas que llevarían a una gran pérdida para el Perú.
La deuda consolidada y trasladada por el gobierno de Echenique era también un problema. Se promulgó el 2 de enero de 1857 la ley de la Convención Nacional, que mandaba continuar la amortización de los vales de consolidación emitidos hasta el 20 de abril de 1851. En abril de 1857, dado que la ley mencionada dificultaba la circulación de los vales de la deuda pública, la Convención aprobó otra que señalaba normas para el pago de los intereses de la deuda consolidada y trasladada- esta debía tener desde 1858 el cinco por ciento anual del fondo de amortización.
El 3 de diciembre de 1854 se pasó el decreto de manumisión, que garantizaba el pago de los esclavos en cinco años con el interés anual de seis por ciento. Un decreto expedido el 9 de marzo de 1855 afirmaba que el Estado abonaría trescientos pesos tanto por cada esclavo como por cada siervo libre, fijando así un precio medio y común para cada manumiso.
Hacia 1860 el Perú importaba sus productos por un valor de 35 millones de pesos e importaba 15 millones. Además, continuaba pagando las deudas del gobierno anterior. El estado pudo recuperar más del sesenta por ciento de las ganancias en estas exportaciones, triplicando sus gastos presupuestales a veinte millones de dólares. Es así como surgió el desarrollo de una burocracia moderna estatal. Sin embargo, paralelamente el gobierno incurría en gran déficit presupuestario financiado por empréstitos extranjeros a quienes se les garantizaba guano. En este proceso se formaban las clases emergentes en Lima, que se consolidaba como el foco económico y político del Perú. Se empezó a imitar la moda Europea e incremento la inmigración extranjera. En 1857, más de la mitad de la población de Lima estaba conformada por extranjeros.
Castilla promulgó el 7 de abril de 1855 un nuevo Reglamento de Instrucción Pública, el cual duraría hasta el gobierno de Manuel Pardo (1872-76). Este Reglamento estructuró adecuadamente el sistema educativo, disponiendo que la instrucción pública tuviera tres grados: la popular, la media y la superior. Comisiones especiales educaciones se formaron en los departamentos, provincias y parroquias, y se acabó así con la indefinición que existía en dicho campo, pues hasta entonces no se diferenciaba la educación media de la superior.
Sin embargo, era un régimen completamente centralizador, ya que el Congreso votaba el presupuesto escolar y decidía detalles como dónde debía existir cada escuela. Se resalta la incapacidad de las Cámaras para organizar coherentemente los recursos destinados a las escuelas. Además, existía una importante falta de autoridades capacitadas que se encargaran de la administración de la educación pública.
Dentro de la educación pública primaria, se formaron cuatro ramas. Las escuelas de primeras letras, las de artes y oficios, cuya labor era la adecuada instrucción de los artesanos, las de infancia, que cuidaban niños pobres de 3 a 6 años, y la escuela normal.
La escuela primaria se declaró obligatoria a partir de los siete años, y para asegurar que esto se mantuviera, se declaró gratuita para los pobres. La instrucción popular (primaria) debería de extenderse con carácter masivo y cumplir con la disposición constitucional que garantizaba su gratuidad. Se dispuso la construcción de locales escolares, pero no se dieron los medios necesarios para realizarlo, quedando buena parte de esta reforma en el papel.
En cuanto a la educación media, predominaba la orientación formalista y literaria. Además, abarcaba la religión, las lenguas latina, griega, inglesa y francesa, ciencias naturales y sociales. Esta tenía dos propósitos: que los estudiantes se prepararan adecuadamente para los estudios superiores, e instaurar la cultura liberal. El requisito para la instrucción media era haber dominado en la escuela primaria la escritura, gramática, aritmética y religión.
Asimismo, el Colegio Guadalupe dejó de proporcionar educación superior, siendo dedicado desde entonces a dar instrucción media o secundaria, como hasta hoy viene haciéndolo.
Se instauró el Colegio de los Sagrados Corazones Belén, un colegio privado en Lima designado para la educación femenina en una época en que las mujeres no solían recibir instrucción.
Respecto a la educación universitaria, esta se llevaba a cabo en universidades e institutos técnicos. Se consideró que la Universidad era un todo orgánico constituido por cinco Facultades: Teología, Medicina, Jurisprudencia, Filosofía y Letras y Ciencias Naturales y Matemáticas. Se dispuso que los antiguos Colegios Mayores, por corresponder a estas facultades, se incorporasen a la Universidad. Pero sucedió que ni la Universidad de San Marcos ni el Convictorio de San Carlos (a cuya estructura correspondía las tres últimas facultades) aceptaron plenamente la reforma y se aferraron a sus antiguos privilegios. Solo años después, en 1866, se completó esta reforma, y el Convictorio se convirtió en la Facultad de Humanidades y Derecho de la Universidad de San Marcos. Asimismo, la Universidad San Marcos conservaba su estatus como la universidad central en Lima.
Durante los gobiernos de Castilla se realizaron grandes avances en cuanto a la comunicación del interior del país. Uno de estos avances serían los dos censos que el Mariscal realizó durante su gobierno en el año 1850 y en el año 1862. Estos censos son los primeros que se hicieron en la República y dos de los cinco censos que se realizaron en todo el siglo. El censo de 1862, dirigido a conocer el estado de la población, dio un total de 2 487 916 habitantes. En ese censo, Lima superó los 100 000 habitantes.
Por otro lado, durante su mandato se creó el primer mapa y el primer tratado de Geografía del Perú. Esta obra se dio inicio bajo el mando de Mateo Paz Soldán y fue finalizada por su hermano, Mariano Felipe Paz Soldán, ambos geógrafos. Ambos volúmenes del primer tratado de Geografía, un mapa y un atlas del Perú se editaron en París en 1862. El presidente Castilla, decretó el 23 de mayo que se imprimiera por cuenta del Estado la obra producida por los hermanos Paz Soldán.
En cuanto a la política vial, Castilla, siendo muy conocedor de la geografía nacional, consideró la apertura de caminos como uno de los problemas básicos de la nacionalidad desde el inicio de su primer gobierno. Teniendo varias obras resaltantes en su primer mandato, durante su segundo gobierno podemos resaltar el inicio de la vía Iquique-La Noria que se dio inicio en 1860. Además, a iniciativa suya se plantean los ferrocarriles Lima-Jauja e Islay-Arequipa, ejecutados a la larga. Muchos caminos y puentes, entre ellos la primera vía hacia la Amazonía fueron obra suya. Asimismo, trajo los últimos progresos del siglo al país: el telégrafo, el muelle y dique del Callao, muelles en Chorrillos, Pisco, Arica, Paita y otros puertos, y un servicio bien organizado de la circulación de correspondencia dentro del territorio nacional.
Durante la revolución de Vivanco, la fragata Amazonas efectuó un viaje alrededor del mundo. Partió del Callao el 26 de octubre de 1856, al mando de José Boterín. Cruzó el Pacífico, bordeó la costa de China, cruzó el estrecho de Singapur, llegó a Calcuta donde permaneció cuatro meses en reparaciones; luego circunnavegó la costa oriental y sur de África, dobló el Cabo de Buena Esperanza, se dirigió al norte, arribó a la isla de Santa Elena, pasó cerca de las islas Azores, hasta llegar a Europa, anclando en Londres. Después puso rumbo a América del Sur; se dirigió a Río de Janeiro, siguió más al sur hasta doblar el estrecho de Magallanes, y continuó hacia las costas de Chile, deteniéndose en Talcahuano, de donde llegó al Perú, tocando Arica, y finalmente, al Callao, donde arribó el 29 de mayo de 1858. Navegó más de 40.000 millas en 308 días y permaneció 272 días en puerto. Esta fue la primera travesía de esta naturaleza realizada por un navío sudamericano.
Castilla se preocupó por colocar a la marina en un alto nivel. De esta manera, tuvimos dos buenas fragatas de guerra: Amazonas y Apurímac, además de los barcos armados Loa, Tumbes, Ucayali, Sachaca, Huarás, Guise y otros tantos transportes. Asimismo, se mejoró el armamento del ejército, en sus tres campos: la infantería, la caballería y la artillería, adecuándola a la técnica moderna. Se envió a Europa al coronel Francisco Bolognesi para la compra de cañones rayados, fusiles y otros implementos bélicos. Por otra parte, se reorganizó el Colegio Militar, orientándose a la preparación de ingenieros militares y civiles. También, se introdujo las brigadas de zapadores en el ejército.
Castilla se mostró interesado por el desarrollo de la Amazonía peruana, continuando así la política que iniciara en su primer gobierno. Para ello era de vital importancia obtener de Brasil la libre navegación en el Amazonas a fin de lograr una salida al Océano Atlántico, ya que la Convención de Comercio y Navegación de 1851 no había otorgado tal beneficio. Después de una lenta y laboriosa labor diplomática se consiguió el objetivo firmándose con el Brasil la Convención Fluvial del 22 de febrero de 1858.
Conseguida la libre navegación en el Amazonas, Castilla se preocupó por el desarrollo de la región para lo cual dio las siguientes medidas:
La política internacional de Castilla, en este segundo gobierno, tal como ya había ocurrido en el primero, se inspiró en un profundo sentimiento de la solidaridad americana, y en una conciencia siempre atenta al orgullo de la patria y la dignidad de la nación. Por entonces, las grandes potencias europeas intervinieron en algunos países independientes de América y la política de Castilla fue la de oponerse enérgicamente a esas pretensiones convocando a la unidad americana. Asimismo, Castilla reanudó relaciones diplomáticas con países como México, Argentina, Brasil, o Guatemala, ante los que no se acreditaba legaciones desde la década 1820. Nombró a Pedro Gálvez como ministro ante Guatemala y Nicaragua, que también estuvo acreditado ante Costa Rica, Honduras y El Salvador, donde nunca antes hubo representación peruana. Así, se logró alentar y apoyar la lucha en Centroamérica contra el filibustero William Walker. Similarmente, Castilla nombró a Buenaventura Seoane como ministro ante Argentina y Brasil. Estos funcionarios tenían una misión: asegurar la adhesión al tratado continental de 1856. Paralelamente, Castilla se enfocó además en consolidar y fortalecer lazos con los países con los cuales el Perú ya tenía relaciones, como Chile, Ecuador, y Bolivia, a pesar de que las relaciones con los dos últimos sufrieron múltiples interrupciones.
Castilla tuvo una permanente preocupación por la eficaz organización del cuerpo diplomático. Tenía claro que se requería de un servicio diplomático para difundir sus ideas y proteger los intereses del Perú en el ámbito internacional. Daba mucha importancia al rol de Ministerio de Relaciones exteriores y al hecho de que tuviera la maquinaria necesaria para implementar, difundir y defender la política exterior del Perú. El canciller del primer gobierno de Castilla, José Gregorio Paz Soldán, había organizado el servicio diplomático y servicio consular. Durante su segundo gobierno, llevaron este cargo Manuel Ortiz de Zevallos, Antonio Arenas, Manuel Morales, José Fabio Melgar, Miguel del Carpio y Melgar y Juan Oviedo. Cuando Castilla asumió la presidencia solamente existían dos cónsules rentados en Guayaquil y en Londres, y los otros veinticuatro eran ad honórem. Castilla cambió esto asignándoles sueldos. Hacia el final de la presidencia de Castilla, la mitad de los treinta y seis cónsules en el extranjero eran rentados y estaban distribuidos a lo largo del mundo.
Se firmó en Washington, el 19 de noviembre de 1856, bajo la dirección del representante diplomático peruano José Joaquín de Osma, un proyecto de alianza y confederación americana, entre Perú, México, Nueva Granada, Venezuela, Costa Rica y Guatemala, para protegerse ante agresiones de países no americanos.
También se ayudó a Nicaragua y a Costa Rica, en dinero y gestiones diplomáticas, a hacer frente a la invasión del filibustero norteamericano William Walker (1856). Con ese objeto, se envió a América Central una misión diplomática presidida por Pedro Gálvez Egúsquiza. El decreto señalaba auxilios para que América Central preserve su libertad, y negociaciones a favor de la adherencia al Tratado Continental. No era la primera vez que Castilla proporcionaba ayuda al gobierno de Nicaragua ni al de Costa Rica, antes había enviado una nave a los puertos en América central para contribuir a la resistencia. El ejército de Costa Rica estaba casi completamente compuesto por civiles poco preparados y sin muchos recursos, por lo que la llegada de la Misión Gálvez impuso la moral para poder restablecer los esfuerzos de resistencia. A los diez días, Gálvez logró el cumplimiento de Costa Rica del tratado continental.
Más aún, se protestó enérgicamente contra la reincorporación de Santo Domingo a la monarquía española como Protectorado (1861) y se apoyó la guerra iniciada por los dominicanos contra los invasores, invitándose a los países americanos a una acción conjunta contra la ocupación española.
Se protestó contra la agresión franco española a México en 1861 y se envió una misión presidida por Manuel Nicolás Corpancho, para que prestara al pueblo mexicano y al gobierno de Benito Juárez, toda la ayuda posible del Perú frente a la agresión europea. Cuando Napoleón III decidió instalar en México un trono para Maximiliano de Austria, Corpancho protestó enérgicamente y apoyó abiertamente al gobierno nacionalista de Juárez, por lo que el gobierno usurpador lo obligó a salir de México. Corpancho solicitó al canciller Juan Antonio Ribeyro Estada que se creara un tratado de mayor alcance que siguiera al tratado continental. Corpancho se dedicó a esta tarea coordinando con distintos diplomáticos en México. Sin embargo, las operaciones militares cobraron más importancia y el tratado no se pudo concretar. Corpancho pereció trágicamente durante su viaje de regreso al Perú, al incendiarse la nave en que viajaba en el golfo de México.
Se protestó en 1861 contra el proyecto del Presidente del Ecuador Gabriel García Moreno de convertir a su país en un protectorado francés. García Moreno había escrito cartas a Emile Trinité, encargado de negocios de Francia en el Ecuador, proponiendo la instauración de un protectorado francés en Ecuador. El Perú lideró el esfuerzo para evitar que esto ocurra, con el apoyo firme de Nicaragua y Honduras. El imperio francés, al iniciar su intervención armada en México, decidió declinar la oferta de García Moreno en 1862, dado que el primero ocuparía todo su interés y fuerzas. Eventualmente, García Moreno fue asesinado por liberales en agosto de 1875.
Siguiendo el espíritu de la unión americana afirmada en el Congreso de Lima de 1847, el ministro de Perú en Chile, Cipriano Coronel Zegarra, firmó en Santiago de Chile, el 15 de septiembre de 1856, un tratado continental de alianza defensiva. Además del Perú, suscribieron este tratado Chile y Ecuador. Este documento otorgaba el tratamiento de nacionales a los ciudadanos de cualquiera de los Estados contratantes y a sus bienes, eliminando todos los impuestos que los nacionales no pagaran. También le dio el trato de nacionales a las naves de todos los confederados. Además, establecía la libre circulación de los periódicos o folletos en los territorios de las Partes Contratantes. Se trató de promover el intercambio cultural e intelectual. Se reconoció la validez de los títulos profesionales y se estableció la meta de difundir la enseñanza primaria. Además, se fijó de manera precisa los privilegios y atribuciones de los funcionarios diplomáticos y consulares. Se estandarizo una medida de pesos y medidas, y también se dispuso adoptar un sistema monetario más uniforme para facilitar el comercio. Se incluyeron dos principios que marcarían la política exterior peruana: el de no intervención y el de defensa de la integridad territorial.
En 1856, se firmó entre Perú y Ecuador el Pacto de la unión americana, que reanudaba las interrumpidas relaciones entre esos dos países. En 1857 se envió a Quito como representante diplomático a Juan Celestino Cavero, quien, al no ser recibido por el mandatario ecuatoriano, escribió una carta al ministro de relaciones exteriores. En ese año también, Ecuador firmó un acuerdo con el Reino Unido, concediéndole territorios a cambio de la exoneración de su deuda con ellos. Cavero observó que una parte de las concesiones incluía un millón de cuadras de territorio peruano, y resaltó que esto era territorio peruano. Tras varios intercambios de notas la situación se puso tensa. La cancillería ecuatoriana solicitó el retiro de Quito de Cavero. Se rompieron las relaciones diplomáticas y Cavero tomó una actitud ofensiva hacia el Ecuador que lo llevó a retirarse del país, y ante la negación el ultimátum de Perú que exigía a Ecuador que Cavero fuera restituido en su cargo, el Congreso autorizó a Castilla incrementar el ejército a quince mil hombres y concretar un préstamo para sostener al ejército, la marina, y la guardia nacional. Sin embargo, se resalta la actitud conciliatoria y poco agresiva del propio Castillo a lo largo del conflicto.
La primera medida que tomó Castilla fue decretar el bloqueo pacífico de toda la costa ecuatoriana (26 de octubre de 1858). Guayaquil empezó a sufrir los estragos del sitio, por lo que el comandante general de esa plaza, general Guillermo Franco, aceptó firmar un armisticio con el jefe de la flota peruana, vicealmirante Ignacio Mariátegui (20 de agosto de 1859). Poco después Castilla aprobó la suspensión del bloqueo de toda la costa ecuatoriana, para así facilitar un arreglo con el gobierno ecuatoriano.28
Pero sucedió que el Ecuador entró en un período de anarquía política, ante el inicio de una guerra civil en la que se establecieron cuatro gobiernos provisorios: un triunvirato en Quito, presidido por Gabriel García Moreno, una jefatura suprema en Guayaquil, al mando de Guillermo Franco y que dominaba toda la costa, un gobierno títere de Franco en Cuenca y un gobierno federal en la provincia de Loja, al mando de Manuel Carrión, por lo que el Estado ecuatoriano no tenía un gobierno legítimo.29
El problema que se planteaba a Castilla era pues que, no habiendo un único gobierno plenamente legítimo en el Ecuador, no era posible iniciar conversaciones, pues se corría el riesgo de que una facción invalidase la que otra aceptase. No obstante, Castilla preparó la expedición naval y militar contra el Ecuador, y el 29 de septiembre de 1859, asumió el mando de las fuerzas terrestres y navales y se embarcó él mismo. Dejó en el poder en Lima al doctor Juan Manuel del Mar.
La armada peruana estaba conformada aproximadamente por doce naves y cuatro mil hombres. La escuadra peruana llegó a Guayaquil el 12 de noviembre de 1859, sin hacer fuego. Los defensores del puerto quisieron negociar y Castilla exigió que se permitiera el desembarco de sus tropas, lo que fue aceptado. Las tropas peruanas se posesionaron de las alturas de Mapasingue (25 de noviembre), desde donde se dominaba Guayaquil y sus accesos. Como los gobiernos del Guayas, Azuay y Loja llegaron a unificarse momentáneamente bajo el mando de Franco, Castilla decidió entenderse con este jefe antes que con García Moreno, que tenía el gobierno de Quito.31 En efecto, este último tenía el respaldo de la capital de la república (por ende sede principal del gobierno ecuatoriano) y de gran parte de la sierra ecuatoriana. Pero a pesar ello, prefirió Castilla llegar a acuerdos con Franco, pues ambos estaban confabulados. El presidente peruano ofrecía respaldar la jefatura del general ecuatoriano, siempre y cuando reconociera la cédula misional de 1802.32
Así pues, con la autorización de Franco, las tropas peruanas entraron en Guayaquil el 7 de enero de 1860, sin necesidad de disparar un balazo. El 25 de enero Castilla firmó con el gobierno de Franco el Tratado de Mapasingue, en el que, esencialmente el Ecuador reconocía la validez de la Real Cédula de 1802, y por tanto la soberanía peruana sobre los territorios de Quijos y Canelos; declaraba nula la adjudicación de territorios a acreedores británicos y se establecía que dentro de dos años una Comisión especialmente nombrada por los dos países procedería a señalar los límites entre ambos Estados. Castilla no quiso mostrarse implacable o feroz con Ecuador y antes de marcharse, obsequió uniformes, calzados y fusiles al ejército franquista.33
Además, Ecuador estableció que se llevaría a cabo una rectificación de los límites con el Perú a través de una comisión mixta.
Hacia 1859 solamente habían en Lima dos fábricas: una de hilados y otra de papel. La Estadística de Lima estimaba que hubo 5341 artesanos. Los productores nacionales, con sus pocos recursos e instrumentos anticuados, habían sido afectados negativamente por la erradicación de un régimen económico proteccionista a uno más liberal. Más aún, el descontento de los artesanos se intensificó porque en algunos clubs, en las elecciones de 1858, se prohibió la introducción de artículos manufacturados. Los artesanos habían pedido al congreso de 1858 la prohibición de ciertos artefactos extranjeros, pero este no discutió el asunto. Así, una tarde de diciembre de 1858 en que llegó al Callao un barco cargado de materiales importados, hubo una protesta por parte de los artesanos. Estos atacaron el tren con los cargamentos destinado a Lima, y el propio presidente Castilla tuvo que acudir.
Se empezó a dar un renacimiento de ideas y creencias religiosas que se manifestó de distintas maneras. Por ejemplo, el alcance que lograron los franciscanos descalzos en Lima, a quienes se les otorgó el convento de los descalzos. Surgió una nueva generación religiosa, que defendía activamente los derechos de la iglesia a través de propaganda oratoria y escrita y también a través de manifestaciones. Donde más se sintió este espíritu religioso fue en Arequipa. La proclamación del dogma de la Inmaculada Concepción en 1854 ocasionó una masiva movilización de la fe popular. La proclamación del mes de mayo como el de María dio lugar a que en este mes se llevaran a cabo incontables misas, sermones y ritos.
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