El estuario del río Guadiaro es un área protegida en el término municipal de San Roque junto a la urbanización de Sotogrande en la comarca andaluza del Campo de Gibraltar.
La declaración de este paraje natural fue aprobada junto al Inventario de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía en 1989 con una extensión original de 27 hectáreas que se correspondían al estuario formado en la desembocadura del río Guadiaro. En noviembre de 2013 el paraje fue ampliado en 8 hectáreas con el último tramo del río quedando protegidas un total de 35 hectáreas. Este enclave también ha sido declarado Zona de Especial Protección para las Aves en 2002 y en la modificación de 2013 quedaba declarado también cono Zona de Especial Conservación (ZEC) y su intregración en la Red Natura 2000.
El régimen de aguas del estuario no depende de las mareas debido a la escasa importancia de éstas en el mediterráneo por lo que las especies vegetales presentes no deben soportar la salididad como ocurre en otros humedales costeros próximos. La flora por consiguiente es similar a otras zonas ribereñas de la región mediterránea, juncos, castañuelas, carrizos, tarajes, lentiscos, zarzas, acebuches y fresnos.
Es numerosa la presencia de poblaciones migradoras de aves que utilizan estas marismas durante su paso por el estrecho de Gibraltar. Cabe destacar la presencia de la garceta común, la garza real, la garza imperial, la espátula, el flamenco común, el águila pescadora, el correlimos tridáctilo, el correlimos común, el archibebe común, el vuelvepiedras, el charrán patinegro y la pagaza piconegra.Dentro de las especies residentes en el entorno destaca la presencia de la nutria y la lamprea marina especies fuertemente amenazadas.
A pesar de su indudable interés las medidas de protección con las que cuenta el paraje son escasas y en ningún caso subsanan los principales problemas de conservación del entorno. La dinámica del estuario ha sido fuertemente degradada durante las últimas décadas debido a la extracción de áridos que se llevaba a cabo en el lugar con el objetivo de suplir la necesidad de matriales para la construcción de las urbanizaciones cercanas. De esta manera el antiguo delta situado en la desembocadura del río ha desaparecido siendo ocupado el lugar por el puerto deportivo de Sotogrande. Hoy día el principal problema de conservación del estuario es el proceso de colmatación debido a la modificación de la dinámica natural del río por la construcción de ese puerto deportivo. A corto plazo estas construcciones pueden ocasionar la pérdida del ecosistema. Además de esto la presencia de numerosas especies alóctonas e introducidas está causando el desplazamiento de la flora local, así destacan por su abundancia las cañas y el plumero de la Pampa. Por otra parte la construcción de pasarelas de madera por parte de la Dirección general de Costas en un intento por aumentar el valor didáctico del paraje ha provocado un aumento en el número de visitantes en zonas internas de la marisma con las consiguientes molestias para la fauna.
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