El viaje del Beagle es el título más común del diario de viaje que Charles Darwin publicó en 1839, titulado originalmente Diario y Observaciones. El nombre con que fue publicado hace referencia a la segunda expedición del HMS Beagle, que zarpó de Plymouth el 27 de diciembre de 1831 al mando del capitán Robert FitzRoy. Aunque se calculó que el barco regresaría a los dos años, el HMS Beagle no volvió a tocar la costa de Inglaterra hasta el 2 de octubre de 1836, casi cinco años después. Darwin pasó la mayor parte de ese tiempo explorando la tierra firme, un total de tres años y tres meses. Los 21 meses restantes los pasó en el mar.
El libro, que también ha sido conocido como Diario de Investigaciones, reúne sus memorias de viaje, así como anotaciones de índole científica relativas a la biología, la geología y la antropología que prueban la extraordinaria capacidad de observación de su autor. Aunque el trayecto del HMS Beagle pasó en ocasiones por los mismos lugares, Darwin ordenó las referencias científicas por lugares, en lugar de hacerlo cronológicamente. Este diario representa las primeras anotaciones que sugieren las ideas que más tarde le llevarían a escribir su teoría de la evolución por la selección natural.
El capitán FitzRoy ofreció a Darwin contribuir con la redacción de una sección de historia natural en el diario de a bordo que el capitán escribía. Darwin accedió, y utilizó como documentación sus notas de campo y el diario que había ido enviando parte a parte a su casa para que supieran de él. La sección de la crónica de FitzRoy quedó concluida en septiembre de 1837. FitzRoy, que en calidad de capitán debía registrar la actividad diaria a bordo, contaba también con material escrito de otros viajes anteriores, así como los informes de expediciones anteriores de otros dos navíos a los que capitaneó y, por último, el cuaderno de bitácora del anterior capitán del HMS Beagle. Todo este material fue publicado en mayo de 1838, bajo el título Crónica de los viajes de inspección de los barcos de su majestad 'Adventure' y 'Beagle', reunida en cuatro tomos. En el primer volumen relataba el primer viaje realizado por el comandante Phillip Parker King, el segundo reúne las anotaciones de FitzRoy durante el segundo viaje, el tercero contiene el Diario y Observaciones, 1832-1835 de Darwin y el cuarto es un largo apéndice. La crónica de FitzRoy incluye además sus observaciones sobre el Diluvio, que reflejan su temprano interés por las teorías geológicas de Charles Lyell y comentarios sobre las características sobre sedimentos que consideró «nunca podrían haber sufrido una inundación de cuarenta días». Estas observaciones realizadas con Charles Darwin el científico durante el viaje rechazaban el pensamiento científico de la época, que defendía una lectura literal de la Biblia. FitzRoy se había casado a la vuelta de su viaje, y su mujer era una persona muy religiosa.
La aportación de Darwin resultó bastante popular y el editor, Henry Colburn, de Londres, asumió la reimpresión del texto en agosto, con el nuevo título de Diario de Investigaciones sobre geología e historia natural, de los diversos países visitados por el H.M.S. Beagle. Esta reedición del texto se publicó aparentemente sin el consentimiento de Darwin y sin ningún tipo de consideración económica hacia su autor.
El libro fue reeditado en numerosas ocasiones, y publicado bajo diferentes títulos. La más conocida de las ediciones es la segunda, de 1844, revisada a la luz de las nuevas teorías evolucionistas de su autor. Esta edición, encargada por John Murray, sí proporcionó los correspondientes ingresos a Darwin.
En la primera edición, y refiriéndose a la similitud entre la fauna de las islas Galápagos y la continental, Darwin señalaba:
Las ediciones posteriores sugerían nuevas ideas sobre la evolución:
Observando los pinzones, y estas variaciones en el tamaño y forma de sus picos, escribió que «uno podría realmente imaginar que de una sola raza de pájaros establecida en el archipiélago, otras especies han surgido mediante su adaptación a fines específicos».
El índice del libro indica los lugares visitados por Charles Darwin, no el orden en que se realizaron estas visitas.
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