La Secretaría General de Sanidad (SGS) de España fue el órgano directivo del Ministerio de Sanidad que durante la mayor parte de la historia reciente del Departamento asumió las políticas sanitarias. Desapareció en 2020 al recuperarse la Secretaría de Estado de Sanidad, órgano que asumió gran parte de sus funciones.
Los orígenes de la actual Secretaría General de Sanidad se remontan a 1991, cuando se crea la Secretaría General para el Consumo y la Salud Pública ofrecer información epidemiológica, promover la salud y prevenir enfermedades, sanidad exterior, control sanitario del medio ambiente, establecer los requisitos higiénico-sanitarios de los alimentos y de los productos de uso y consumo humano, brindar poyo científico-técnico a los servicios de salud e instituciones y servicios sanitarios y a los servicios de consumo e información al consumidor de las diferentes Administraciones Públicas.
Para ejercer sus funciones se estructuraba a través de dos direcciones generales, una «de Salud Pública» y otra «de Protección de los Consumidores». Además, también ejercía sus funciones a través de los organismos Instituto de Salud Carlos III e Instituto Nacional del Consumo.
Apenas unos meses después, la secretaría general pierde las funciones sobre protección de los consumidores que pasan a la Subsecretaría, y la secretaría general se convierte en un órgano puramente sanitario de ordenación de los profesionales de la medicina, las mismas funciones sanitarias que antes y con la misión de inspeccionar los productor farmacéuticos y sanitarios.
En 1994 se suprime el órgano volviendo las funciones a la Subsecretaría de Sanidad y Consumo, pero se recupera en 1996 con la creación de la Secretaría General de Asistencia Sanitaria, que lleva aparejada la Presidencia del INSALUD. En 2000 recibe la denominación de Secretaría General de Gestión y Cooperación Sanitaria, cuyo responsable sigue ostentando la Presidencia del INSALUD hasta el momento de su transferencia a las diez últimas Comunidades Autónomas que aún no las habían recibido. En 2000 asume las competencias de la Organización Nacional de Trasplantes y la Alta Inspección de los servicios del SNS. En agosto de 2002 recibe la denominación de Secretaría General de Sanidad, volviendo a asumir la salud pública. Las funciones sobre consumo se mantenían en la Subsecretaría. En 2008 la secretaría general recupera las competencias sobre productos sanitarios y farmacéuticos. A pesar de que en un principio mantendría su denominación, en 2012 decidió adoptarse la nueva denominación al asumir de nuevo las funciones sobre los consumidores y sus derechos.
Con la creación del Ministerio de Consumo en 2020, el Ministerio de Sanidad perdió en favor de éste todas las funciones sobre el consumo y los consumidores, volviendo la secretaría general a ocuparse únicamente de cuestiones sanitarias. Asimismo, asumió competencias sobre el Plan Nacional de Drogas.
Como resultado de la pandemia de COVID-19 que afectó al mundo y a España en particular, en agosto de 2020 el ministro de Sanidad, Salvador Illa, decidió recuperar la Secretaría de Estado de Sanidad que ya había existido brevemente a finales de la década de los años 70 y principios de los 80. Esta Secretaría de Estado asumió la mayor parte de sus funciones, con la salvedad de algunas que asumió la nueva Secretaría General de Salud Digital, Información e Innovación del Sistema Nacional de Salud.
De la Secretaría General dependían, en su última etapa, los siguientes órganos:
La Secretaría General de Sanidad tuvo un presupuesto asignado de 462 857 750 € para el año 2019, cuando aún poseía competencias sobre consumo. De acuerdo con los Presupuestos Generales del Estado de 2018, prorrogados para 2019, la SGSC participa en siete programas:
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