El río Guadajoz (del mozárabe Guadaxox, de salso = salado) es un río del sur de España, un afluente del río Guadalquivir. Tiene una longitud de 171 km y drena una cuenca de 2415 km².
El río Guadajoz se forma por la confluencia de los ríos San Juan y Salado de Priego procedentes de la Sierra Sur de Jaén y las sierras de Priego de Córdoba respectivamente. Sirve de linde entre las provincias de Jaén y Córdoba durante varios kilómetros hasta poco antes de su llegada a la población de Albendín, donde recibe las aportaciones del río Víboras en un paraje conocido como junta de los ríos en donde se ubica el embalse de Vadomojón. A partir de este punto gira en dirección noroeste adentrándose en la campiña cordobesa para recibir por la margen izquierda las aguas del río Marbella y del río Guadalmoral siguiendo su curso hasta su desembocadura en el Guadalquivir a la altura el término municipal de Córdoba, exactamente en la intersección de la autovía Madrid-Sevilla con la antigua carretera N-IV.
Los ríos San Juan y Víboras nacen a su vez en los términos municipales de Castillo de Locubín y Valdepeñas de Jaén respectivamente, garantizando un caudal mínimo durante todo el año, aunque en verano y épocas de sequía este puede ser muy reducido. Las aguas del Guadajoz son salobres a partir de la desembocadura del arroyo Salado (no confundir con el Salado de Priego) y se van endulzando con los aportes del arroyo de la Carchena y el Ventogil, el primero de ellos a escasos 2 km de la pedanía cordobesa de Santa Cruz, lugar donde se encuentran las ruinas y yacimientos de Ategua.
En la siguiente tabla se intenta identificar a los afluentes primarios y secundarios de mayor longitud.
a También llamado Guadalcotán.
b También llamado Caicena.
c También llamado Zagrilla.
d Incluyendo al río Almedinilla.
En época romana su nombre era Salsum flumen debido a la salinidad. Los árabes lo llamaron wadi saws, que tiene el mismo significado. En su recorrido sirve como elemento defensivo, a manera de foso natural, de importantes yacimientos arqueológicos, algunos destacados núcleos urbanos en época ibérica y romana: Cerro de la Almanzora (Sosontigi) en el término de Luque, Cerro de los Molinillos y Cortijo de Izcar (Municipium Contributum Ipcense), ambos en el término de Baena, el barrio de la villa de Castro del Río (¿Castra Postuminana?) y Cerro de los Castillejos de Teba (Ategua).
Hasta la última década del siglo XX el Guadajoz no ha estado regulado por presas, y en su bio-fauna, aún no se encuentran presentes especies especies alóctonas, aunque con la construcción del embalse de Vadomojón se introdujeron en el mismo peces como la carpa y el black bass. Pero aún no se han dispersado por lo que, a fecha de hoy, en el cauce de dicho río siguen siendo sus especies predominantes la boga y sobre todo el barbo gitano. Se han sacado, de forma esporádica, anguilas, y el galápago autóctono todavía está presente en todo el cauce.
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