Protozoa (protozoo) es considerado un reino en algunos sistemas de clasificación biológica, como sucede en las taxonomías propuestas por el protozoólogo Thomas Cavalier-Smith a lo largo de varios años y en el moderno Sistema del Catálogo de la Vida. Del mismo modo que el reino Protista, Protozoa constituye un supergrupo basal parafilético eucariota (grado), pero a diferencia de este, excluye a aquellos grupos caracterizados por contener diversos tipos de algas y otros organismos relacionados con ellas y que Cavalier-Smith agrupa en el reino Chromista. Protozoa constituye pues el primer nivel o grado evolutivo en la historia del mundo eucariota y se puede definir como el grupo constituido por todos los eucariontes que no pueden considerarse animales, plantas, hongos ni cromistas, ya que estos reinos superiores provienen en última instancia de algún típico protozoo primitivo dentro de su historia evolutiva.
Para un tratamiento general e histórico del término véase el artículo protozoo.
En su gran mayoría son microorganismos unicelulares frecuentemente flagelados, de hábitat acuático o húmedo, pudiendo también ser comensales o parásitos. Hay algunos grupos que son multicelulares, pero sin llegar a desarrollar verdaderos tejidos como Myxomycota, Acrasida y Fonticula, los cuales son mohos mucilaginosos. La gran mayoría poseen flagelos, que utilizan para su locomoción y facilitan su alimentación.
Son células desnudas, ya que no poseen pared celular ni exoesqueleto, por lo que son flexibles y es común el desarrollo ameboide con presencia de seudópodos. Esto contrasta con otros grupos unicelulares como algas y cromistas, donde son comunes las paredes celulares y otros tipos de cubierta.
Son mayormente fagótrofos depredadores de bacterias (bacterívoros) y de otros protistas (eucarívoros), a veces osmótrofos (saprótrofos), con un metabolismo dependiente de la materia orgánica (heterótrofo o más exactamente quimioorganoheterótrofo). Esta nutrición también constituye un contraste con Chromista, donde hay muchos grupos de algas. La excepción está en Euglenophyceae que es un subgrupo fotótrofo.
La respiración es aerobia y suelen ser muy sensibles a la falta de oxígeno; con la excepción de la respiración anaerobia observada en Metamonada y Archamoebae, producto de una adaptación secundaria.
El nombre Protozoa (protozoos) fue acuñado por Georg Goldfuss en 1818 para agrupar a los que consideraba animales primigenios. En 1858, Richard Owen observó la dificultad de clasificar los seres microbianos en animales y vegetales, por lo que propuso crear el reino Protozoa y los definió como los seres en su mayoría diminutos formados por células nucleadas. Cavalier-Smith rescata en 1981 este término para definir al grupo eucariota más primitivo y ancestral, anterior a la aparición de las algas. Rechazado en muchos ámbitos, especialmente debido a su posición parafilética y compleja filogenia, va ganando aceptación paulatinamente en sistemas, proyectos y catálogos taxonómicos más recientes.
El término protozoo es uno de los más usados en los libros de texto y en las obras de zoología popular. El concepto tradicional (animales unicelulares) es diferente de la nueva propuesta del reino Protozoa (eucariontes primigenios), pues grupos de protozoos tradicionales como ciliados, esporozoos, radiolarios, foraminíferos, etc., estarían ahora adscritos al reino Chromista.
Lynn Margulis aportó luz sobre la eucariogénesis (el origen de los eucariontes), resucitando y popularizando hipótesis anteriores acerca del origen por endosimbiosis de las mitocondrias y los plastos, a partir de bacterias. El origen del primer protozoo equivale al origen de la primera célula eucariota, evento que fue el resultado de la fusión biológica entre la célula huésped (una arquea del clado Proteoarchaeota) y una célula endosimbionte (una Alphaproteobacteria similar a las ricketsias) que dio lugar a las mitocondrias. La aparición del primer organismo eucariota unicelular —ya con sistema endomembranoso de núcleo, retículo endoplasmático, aparato de Golgi mitocondria y lisosomas, con citoesqueleto de microtúbulos, unicentriolar y biflagelado— representó una revolución en la historia biológica del planeta, hace unos 1600-1800 millones de años; mucho más joven que los procariontes que tienen unos 3500 a 3800 millones de años.
El sistema de clasificación de Cavalier-Smith da importancia a los grupos parafiléticos, los cuales permiten mostrar un esquema más simplificado, dándole relevancia a los grados evolutivos. Estos se indican con (P) y se presentan en el siguiente cladograma:
Eozoa (P) (≈Excavata)
Chromista (P)
Varisulca (P)
Apusozoa (P)
Choanozoa (P)
Si graficamos únicamente los grupos monofiléticos, Protozoa incluiría los siguientes clados:
Corticata ( Chromista + Plantae )
Planomonadida (=Ancyromonadida)
Evolutivamente, se puede considerar que Protozoa sensu Cavalier-Smith es un reino basal parafilético eucariota del cual se originan los demás reinos eucariotas. Plantae y Chromista se habrían originado a partir de un protozoo biflagelado isoconto, acroconto, heterótrofo y fagótrofo del clado Corticata, en donde la asociación simbiótica con microorganismos fotosintéticos y la simbiogénesis juegan un rol fundamental.
Por otro lado, Fungi y Animalia se habrían originado a partir de protozoos uniflagelados, opistocontos, heterótrofos y fagótrofos. En el caso particular de Fungi, este protozoo habría sido además un parásito obligado con tendencias ameboides y con capacidad de formar esporas flageladas (zoosporas), presentando quitina en estas esporas o quistes. Por otro lado, el protozoo ancestral de Animalia habría presentado una corona de microvellosidades similar a los coanoflagelados y a los coanocitos de las esponjas, con una probable condición colonial, sésil y con alguna tendencia a la especialización celular.
La taxonomía actual del reino Protozoa está influenciada por estudios de filogenia molecular reciente y en ella se admiten taxones parafiléticos. Estudios extensos basados en genes codificadores de proteínas (2014-2015), encontraron que Eozoa (Euglenozoa + Excavata s.s.) sería un grupo basal parafilético, en donde la rama más divergente pertenece a Euglenozoa. Ya que Euglenozoa presenta citostoma en lugar de un surco ventral de alimentación, no serían verdaderos excavados y se postula que tendría que clasificarse en un taxón independiente de Excavata. Las relaciones resumidas serían las siguientes:
La taxonomía del Sistema del Catálogo de la Vida (2015) deriva del de Protozoa sensu Cavalier-Smith, el cual admite grupos parafiléticos:
Se incluye al filo Microsporidia en Protozoa debido a que este sistema considera que no presenta la típica pared de quitina de los hongos. Sin embargo, no se ha tomado en cuenta que Microsporidia, al igual que los grupos cercanos Rozellidea (Cryptomycota) y Aphelidea, sí presentan quitina a nivel de las esporas o la pared celular. Estos tres grupos cuyos organismos son parásitos conforman el clado Opisthosporidia, el cual podría reclasificarse como filo o superfilo basal de Fungi.
El biólogo anglocanadiense Thomas Cavalier-Smith, que ha venido desarrollando a lo largo de su carrera hipótesis filogenéticas y propuestas taxonómicas alternativas sobre los eucariontes y procariontes evolutivamente basales, mantiene en sus sucesivas propuestas de clasificación un grupo formal Protozoa, al que atribuye la categoría de reino, considerándolo basal o ancestral de los demás reinos eucariontes.
Las propuestas de Cavalier-Smith no suscitan unanimidad, aunque es un autor muy influyente en el campo de la evolución y la sistemática de los eucariontes más basales.
La sistemática de Cavalier-Smith admite como válidos tanto a los taxones holofiléticos como a los parafiléticos, por lo que es contrario a la escuela cladística de Hennig. Afirma que ambos taxones holofiléticos y parafiléticos son esenciales para la sistemática, es imposible esquematizar un árbol filogenético con grupos puramente holofiléticos: cada rama holofilética genera necesariamente un potencial tallo parafilético. Es más complicado definir un taxón parafilético que uno holofilético, los holofiléticos se pueden definir simplemente usando los caracteres compartidos (apomorfias); un taxón parafilético, por el contrario, tiene que ser definido mediante la combinación de caracteres positivos y negativos; es un mito que los grupos parafiléticos estén definidos puramente en negativo.
Para Cavalier-Smith, tratar a todos los protistas juntos, puede ser conveniente para estudios comparativos, pero es inadecuado para el mejor entendimiento de la evolución, filogenia y taxonomía de los protozoos. Un reino como Protoctista sensu Margulis por ejemplo, es excesivamente diverso y su definición solo se suscribe prácticamente a su naturaleza eucariota.
En 2004 lo divide en dos subreinos: Biciliata (equivalente a Bikonta) y Sarcomastigota (Unikonta).
En 2010 Cavalier-Smith, a la luz de nuevos datos redefine a Protozoa, transfiriendo Alveolata, Rhizaria (filos Cercozoa y Retaria) y Heliozoa a Chromista. Protozoa quedaría sólo con 7 filos y 2 subreinos:
Eozoa (≈ Excavata s.l.)
Sarcomastigota
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